Ex77 过渡态任务的提交与查看（一） |
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前面的准备工作完成了，INCAR，KPOINTS，POSCAR（IMAGES）， POTCAR也检查完了。剩下的就是准备脚本提交文件了。本节主要是在天河II号超算中心上给大家简单示范一下： 1）准备脚本，提交任务； 2）过渡态任务运行时候的查看； 3） VTST脚本nebresults.pl的安装和使用。 提交任务首先通过命令操作，熟悉下天河II号超算中心提交NEB计算的流程。 12345678910iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ ls00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR job_sub KPOINTS POTCAR iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ cat job_sub#!/bin/bashexport LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATHyhrun -p gsc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin/vasp_stdiciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77/$ yhbatch -p gsc -N 2 -J test job_subSubmitted batch job 1004311 每个节点有24核，我们使用了2个节点，共48核，来计算这个NEB任务。 共有8个IMAGES，也就是6个核算一个IMAGE。 我们调用的VASP版本是:/THFS/opt/vasp/5.4.4_neb/vasp.5.4.4/bin/vasp_std 本例子下载链接：https://pan.baidu.com/s/1shjrJsRuDNYGEd2qDqvdFQ 提取码：k3pp 查看NEB计算NEB一般收敛的很慢，需要跑很多离子步才会收敛，所以大家要心里有个准备，这也是为什么我们先用gamma点粗算一下，再用高密度的K点计算的原因，总之就是节约时间。虽然NEB要花很长时间才收敛，但提交任务后，我们不能守株待兔似的等着NEB算完，而是要勤检查结果，因为NEB的计算中，也会经常出现结构跑乱的情况。那么该怎么检查呢？ 一看能量，二看结构，三看能量和结构。 一看能量：主要是因为在terminal下面，相对于打开可视化软件查看结构来说，我们通过命令提取每个IMAGE中OUTCAR能量信息的操作更加方便些而已。更重要的其实还是结构的变化，也就是你的反应路径。查看能量有2个办法： 自己用脑子想象或者写脚本：12345678910111213141516171819iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ ls00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR job_sub KPOINTS NEB.pdb POTCAR slurm-995085.out vasprun.xmliciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ ta.sh01 -298.0070538502 -297.9646265703 -297.9275486404 -297.9014263705 -297.8847553206 -297.8768144507 -297.8902528508 -297.93374021iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ cat ~/bin/ta.sh#!/usr/bin/env bashfor i in *; doif [ -e $i/OUTCAR ]; thenecho -e $i "\t" $(grep ' without' $i/OUTCAR |tail -n 1 | awk '{print $7}')fidoneiciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$用脑子想象： 在ts.sh 脚本的输出中，从01的能量一直往下看，自己脑子里面自带一个xy的坐标系，将这些能量填到坐标系中，直至08。你会想象得到这样的一个曲线： 能量从01的-298.007慢慢上升到06的-297.87，然后再下降到08的-297.934。这个曲线的顶点再06处，也就是我们粗算得到的过渡态。 当然，你也写个小脚本提取每个IMAGE中的能量信息，然后画图即可。 使用VTST的脚本：nebresults.pl前面Ex72中，我们讲过了怎么准备VTST的那些脚本，这一节，我们讲另外一个办法。 下载VTST的脚本：http://theory.cm.utexas.edu/vasp/scripts.html 爬梯子技术不好的话，通过这个链接下载： https://pan.baidu.com/s/1bSoH8wdk2XvfzdmT75SZWQ 提取码：dmlt 将下载的文件上传到服务器的~/bin/vtst 目录下； 进行如下的操作: 12345678910111213141516171819iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin$ cd vtst/iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst$ lsvtstscripts.tgziciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst$ tar -zxvf vtstscripts.tgzvtstscripts-937/vtstscripts-937/pos2xyz.pyvtstscripts-937/sum_dos_npvtstscripts-937/chg2cube.plvtstscripts-937/chgsplit.shvtstscripts-937/akmcprocess.pl***vtstscripts-937/nebbarrier.pliciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst$ lsvtstscripts-937 vtstscripts.tgziciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst$ cd vtstscripts-937/iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst/vtstscripts-937$ ls2con.py center.py diffcon.pl dymanalyze.pl dymseldsp.pl insplot.pl .... 使用vim打开nebresults.pl文件，将58-71行注释掉，或者可以使用sed命令： 1sed -i '58,71s/^/#/g' nebresults.pl效果如下图： 12345678910111213141557 # Zip the OUTCARs again58 #print 'Zipping the OUTCARs again ... ' ;59 #$zip = $ENV{'VTST_ZIP'};60 #if($zip eq ''){ $zip = 'gzip'; }61 #62 #$i = 0;63 #$string = "00";64 #while(chdir $string) {65 # system "$zip OUTCAR";66 # $i++;67 # if($i < 10) { $string = "0$i"; }68 # elsif($i < 100) { $string = "$i"; }69 # chdir $dir;70 #}71 #print "done\n"; 在~/.bashrc文件中设置脚本的目录： 12iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst/vtstscripts-937$ pwd/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst/vtstscripts-937 复制上面pwd命令的目录，打开~/.bashrc 文件，添加这一行： 1export PATH=$PATH:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst/vtstscripts-937 source一下~/.bashrc文件： 1iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/bin/vtst/vtstscripts-937$ . ~/.bashrc 进入计算的目录下，运行nebresults.pl命令，操作如下图: 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ ls00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 INCAR job_sub KPOINTS NEB.pdb POTCAR slurm-995085.out vasprun.xmliciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ nebresults.plNo OUTCAR in 00Unziping the OUTCARs ... iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ cp 01/OUTCAR 00iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ nebresults.plNo OUTCAR in 09Unziping the OUTCARs ... iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ cp 08/OUTCAR 09iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ nebresults.plUnziping the OUTCARs ... doneDo nebbarrier.pl ; nebspline.plDo nebef.plDo nebmovie.plDo nebjmovie.plDo nebconverge.plForces and Energy: 0 0.003505 -298.009300 0.000000 1 0.003505 -298.009300 0.000000 2 0.008701 -297.969500 0.039800 3 0.015508 -297.932900 0.076400 4 0.018300 -297.905700 0.103600 5 0.016765 -297.887500 0.121800 6 0.011627 -297.877000 0.132300 7 0.007293 -297.885300 0.124000 8 0.003607 -297.929100 0.080200 9 0.003607 -297.929100 0.080200Extremum 1 found at image 0.210729 with energy: 0.002874Extremum 2 found at image 0.788081 with energy: -0.002910Extremum 3 found at image 6.265931 with energy: 0.132792Extremum 4 found at image 8.211450 with energy: 0.074781Extremum 5 found at image 8.788801 with energy: 0.085561iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$上面的那个图在Ubuntu的终端里面，通过gs mep.eps命令可以直接打开。 解释： 1) 使用nebresults.pl脚本的时候，我们需要在00和09的文件夹中分别放上初始结构和末态结构所对应的OUTCAR。上面操作中，大师兄把01和08中的OUTCAR分别复制到了00和09中。 为什么这么做呢？ 答：偷懒。原因有2个： A）之前优化结构都是用到的高密度的K点，直接把OUTCAR拿过来用的话，会出现能量差别很大。做出图来能量很奇怪的样子。如下面的例子所示： 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536 iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77/high_k$ ta.sh 00 -321.15187450 01 -298.00935617 02 -297.96955082 03 -297.93296493 04 -297.90579729 05 -297.88754704 06 -297.87700139 07 -297.88531984 08 -297.92917858 09 -321.09850728 iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77/high_k$ nebresults.pl Unziping the OUTCARs ... done Do nebbarrier.pl ; nebspline.pl Do nebef.pl Do nebmovie.pl Do nebjmovie.pl Do nebconverge.pl Forces and Energy: 0 0.023782 -321.151800 0.000000 1 0.003505 -298.009300 23.142500 2 0.008701 -297.969500 23.182300 3 0.015508 -297.932900 23.218900 4 0.018300 -297.905700 23.246100 5 0.016765 -297.887500 23.264300 6 0.011627 -297.877000 23.274800 7 0.007293 -297.885300 23.266500 8 0.003607 -297.929100 23.222700 9 0.011589 -321.098500 0.053300 Extremum 1 found at image 0.000009 with energy: -0.000000 Extremum 2 found at image 6.265997 with energy: 23.275310 iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$看到了没有，上面例子中01到08 结构的能量很大。这是因为参考的能量是00的。对于同一个体系，K点大的话，绝对能量更负一些。能量差别太大，导致过渡态的能量变化都可以忽略掉了。 B）当然我们也可以分别对00和09对应对的机构算个单点。生成各自对应的OUTCAR，然后再使用nebresults.pl。 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ ta.sh00 -298.0323358201 -298.0070538502 -297.9646265703 -297.9275486404 -297.9014263705 -297.8847553206 -297.8768144507 -297.8902528508 -297.9337402109 -297.97265721iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$ nebresults.plUnziping the OUTCARs ... doneDo nebbarrier.pl ; nebspline.plDo nebef.plDo nebmovie.plDo nebjmovie.plDo nebconverge.plForces and Energy: 0 0.100196 -298.032300 0.000000 1 0.003505 -298.009300 0.023000 2 0.008701 -297.969500 0.062800 3 0.015508 -297.932900 0.099400 4 0.018300 -297.905700 0.126600 5 0.016765 -297.887500 0.144800 6 0.011627 -297.877000 0.155300 7 0.007293 -297.885300 0.147000 8 0.003607 -297.929100 0.103200 9 0.084593 -297.972600 0.059700Extremum 1 found at image 0.057295 with energy: -0.000155Extremum 2 found at image 6.265997 with energy: 0.155771iciq-lq@ln3:/THFS/home/iciq-lq/LVASPTHW/ex77$仔细观察，你会发现，00 和 01， 08 和 09 的能量差别基本不大。所以上面我们的偷懒做法也是可取的。 敲黑板： 一般在粗算的时候，不用考虑那么多细节，怎么粗怎么弄。所以，我们前面讲的这个懒办法是在粗算情况下的操作。由于高K点的计算我们在优化初末态结构的时候已经有了，所以提高精度的时候就可以直接用了。 本节要求1） 会提交NEB的计算任务 2） 会使用自己写的或者nebresults.pl脚本查看能量信息。 下一节，我们学习怎么分析这些能量。 |
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