基于linux版megacc构建系统进化树命令如下：

-a输入的是构建进化树的参数 .mao文件

-d输入的是多序列比对之后的结果文件，可以是fasta格式

-o 是输出路径

其中一个重要的文件 也就是参数.mao文件的获取比较困难，蛋白序列、DNA序列以及建树基于的模型不同，具体的参数变换比较多，而linux下无法直接形成该文件，可以先借助Windows版megacc 先生成该文件。

1、由官网下载安装最新版的 https://www.megasoftware.net/ MEGA CC 

安装完成界面如下：(当前为MEGA-X cc)

2、右下角进入prototype模式（analyze为正常使用模式）

于弹出框确定针对分析的序列类型，此选项和后续设置紧密相关

3、在上方工具栏选择进化树构建：PHYLOGENY，并选择基于某个模型进行建树

4、以NJ法为例，在弹出窗口中进行设置参数，注意序列类型，bootstrap等等，之后保存设置，即可生成后缀为mao的配置文件

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