肿瘤细胞是一种特别狡猾的变异细胞，虽然他们会产生与普通细胞完全不同的肿瘤特异性抗原（新生抗原），但是它们很会隐藏和保护自己，例如通过让HLA基因发生杂合性缺失（LOH）、下调HLA基因表达来减少被转运到细胞表面的抗原；分泌抗程序性死亡分子1的配体（PD-L1）来阻止被毒性T细胞消灭；阻碍免疫细胞浸润到肿瘤内等方式。

随着肿瘤免疫治疗取得了越来越多的突破，现已成为最广泛使用的泛癌种治疗方法之一，越来越多的患者受益于免疫治疗。最近的研究表明，HLA-I基因型（如HLA-B44和HLA-B62）和杂合性（LOH）状态的缺失与患者的预后和免疫治疗的疗效相关。在肿瘤疫苗的应用中，HLA的分型直接影响到新生抗原的预测，从而影响疫苗的制备。因此，HLA的准确分型对于免疫治疗意义重大。但是，HLA的多态性高的特点，使得精准分型成为挑战。