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今天给大家带来的是气泡图！气泡图厉害就厉害在可以用一张图表示多个变量，目前运用最多的领域便是基因功能富集分析（功能分析，通路分析）。 什么是气泡图？JIANGLAI BIO气泡图（Bubble Chart）是可用于展示三个变量之间的关系。它与散点图类似，绘制时将一个变量放在横轴，另一个变量放在纵轴，不同之处在于，气泡图允许在图表中额外加入一个表示大小的变量进行对比，是一种可以快速了解目标基因/部分功能趋向性的可视化方法。
▲富集气泡图示例 富集分析分类JIANGLAI BIO一种是基于筛选的差异基因（气泡图） 另一种是不筛选差异基因，叫基因集的富集分析（GSEA） 富集气泡图应用范畴JIANGLAI BIO富集分析是指与所有鉴定到的目标代谢物、蛋白质、基因背景相比，差异代谢物、蛋白质、基因中显著富集到的功能条目，从而给出差异代谢物、蛋白质、基因与哪些生物学功能显著相关，可以富集气泡图形式展现。富集气泡图适用于各种功能性数据库，常用的有GO数据库、KEGG数据库、COG/KOG数据库等。可从不同的方面了解代谢物、蛋白质、基因参与的生理功能、结构特征、亚细胞位置等，进而揭示代谢物、蛋白质、基因在各个生命活动中的生物学意义。GO数据库GO(Gene Ontology，基因本体论)是基因本体论联合会建立的一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO注释分为三大类，分别是：分子生物学功能(Molecular Function，MF)、生物学过程(Biological Process，BP)和细胞学组分(Cellular Components，CC)，通过这三个功能大类，对一个基因的功能进行多方面的限定和描述。
▲GO富集气泡图示例 KEGG数据库KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书)，是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG下属4个大类和17和子数据库，而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway，专门存储不同物种中基因通路的信息，也是用的最多的一个。
▲KEGG富集气泡图示例 富集气泡图怎么看JIANGLAI BIO天下各图本一家，遇到这类图该怎么看呢？根据文章作者的分析目的，气泡图各参数有以下几种意义：Y轴：代表细胞的生物学功能（诸如生物过程BP，分子功能MF，细胞组分CC）或者各分子发挥功能的通路（如代谢途径，致癌途径等等）。X轴：常见的有这三种——GeneRatio是你的基因列表富集到目的通路基因数占基因列表包含基因集总基因比例，richFactor是富集到目标通路基因数占比，BgRatio是目标通路基因占通路集总基因比例。总之一个词，比例；气泡面积大小：富集基因的数量；气泡颜色：富集显著性，即P value 或 Q value数值的大小。
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