血液肿瘤FISH检测判读建议(一): 基因融合 |
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导读:血液肿瘤诊断需要综合形态学、免疫学、遗传学和分子生物学等检测技术,FISH(荧光原位杂交技术)作为一项很重要的遗传学检测技术,在血液肿瘤的诊断中有很大的作用,得到了NCCN等国内外各大血液肿瘤诊疗指南的认可和建议。FISH可用于血液肿瘤相关的基因融合、断裂、缺失、扩增以及染色体整体数量异常的检测,本材料主要跟大家分享血液肿瘤FISH检测的判读。 血液肿瘤可能会出现某些基因融合(可能原因有基因断裂后互相易位融合、染色体倒位等),如CML(慢性粒细胞白血病)可能出现BCR/ABL等基因融合,CLL(慢性淋巴细胞白血病)可能出现BCL2/IGH等基因融合, AML(急性粒细胞白血病)可能出现AML1/ETO,PML/RARA,CBFB/MYH11等基因融合,ALL(急性淋巴细胞白血病)可能出现ETV6(TEL)/AML、E2A/PBX1、BCR/ABLL等基因融合,MM(多发性骨髓瘤)可能出现CCND1/IGH、MAF/IGH、CCND3/IGH等基因融合等等。这基因的融合,FISH检测探针为一个基因标记绿色,另外一个基因标记红色。以BCR/ABL(DF)融合基因检测探针(用于BCR/ABL基因融合的检测,含GSP BCR和GSP ABL两个探针,BCR标记绿色,ABL标记红色)为例。BCR/ABL(DF)融合基因检测探针(判读可类推其余双色双融合探针)①探针设计:ABL基因标记红色,BCR基因标记绿色 ②正常信号细胞:2O2G 典型异常(阳性)信号细胞:1红1绿2融合,可能出现n红m绿k融合(n、m和k均≥1)的阳性信号情况
③阈值设定:随机选取10 例以上的人外周血细胞或骨髓细胞,按照样本处理要求进行处理,制备阴性阈值参考片。每张参考片随机计数200 个细胞。观察每个核内的绿色(BCR)和红色(ABL)信号点。当红色与绿色信号点重叠在一起或两者临近距离小于一个信号直径时 记为1 个融合信号(黄色,F);否则记为1 个红色(R)和1 个绿色(G)信号。 a. 计算出现1R1G1F 信号类型的细胞总数及百分比,统计百分比的平均值及标准差,阴性阈值设定为平均值+3 倍标准差,记为阴性阈值A; b. 计算出现除1R1G1F外其他融合信号类型的细胞总数及百分比,统计百分比的平均值及标准差,阴性阈值设定为平均值+3 倍标准差,记为阴性阈值B。
④计数判读:计数200 个细胞,出现2红2绿信号类型的细胞记为FISH 阴性细胞,出现可能出现n红m绿k融合(n、m和k均≥1,1红1绿1融合的单独统计)信号类型的细胞记为FISH 阳性细胞 a) 若出现FISH 阳性细胞的比例大于阴性阈值时,判断为FISH 阳性; b) 若出现FISH 阳性细胞的比例小于阴性阈值时,判断为FISH 阴性; c) 若出现FISH 阳性细胞的比例等于阴性阈值时,应加大计数数目或分析整张片子(≥500个细胞),如果仍小于或等于阴性阈值,视为FISH阴性;否则视为FISH 阳性。
⑤计数及判读注意: a) 若无特殊情况,计数时只计数nOmGkF(n≥1,m≥1)的信号; b) 若有特殊情况,某一特殊信号出现比例20%以上,最好查阅文献或相关材料验证,; c) 红绿信号都出现的方可统计,若出现大比例(20%以上)没有红色或没有绿色或两者都无的情况,可能是样本或实验条件影响,最好用杂交信号很好的样本行对照再做。
⑥举例:计数时同一信号类型的细胞可用“正”计数表示(温馨提示:为提高效率,针对常见信号类型和阴性细胞可用计数器进行计数,而不常见或类型较少用正号记录) 计数情况: 信号类型 细胞个数 统计 2F 正正正正正正正正正正正 55 1O1G2F 正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正正 150 1O1G1F 正 5 结果: 1O1G2F阳性细胞比例=150/(55+150+5)=71.4%,大于阈值,BCR/ABL融合阳性 此例样本为BCR/ABL基因融合
⑦阈值参考:参考文献,阴性阈值A和阴性阈值B 分别为12%和2%。
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