Amazon Genomics CLI v1.5.0 增加了对使用 Toil 的通用工作流语言 (CWL) 的支持

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Amazon Genomics CLI v1.5.0 增加了对使用 Toil 的通用工作流语言 (CWL) 的支持

2024-07-15 03:20:46| 来源: 网络整理| 查看: 265

通用工作流语言是一个开放标准,用于描述如何运行命令行工具并连接这些工具以创建工作流。使用 CWL 描述的工具和工作流可以跨各种平台移植,便于将复杂数据分析和机器学习工作流从单个笔记本扩展到云计算环境。Toil 是一个可扩展、高效和跨平台的管道管理系统,由加州大学圣克鲁兹分校基因组学研究所 (UCSC-GI) 开发,提供对 CWL v1.2 的全面支持。由于 UCSC-GI 的 Toil 团队所做的开源贡献,您现在可以快速将 Toil 部署到 AWS 账户,以作为 Amazon Genomics CLI 环境来运行 CWL 工作流。与 Amazon Genomics CLI 使用的其他环境类似,Toil 将使用 AWS Batch 来计算、利用最佳的任务置放以及使用 Amazon EC2 按需型实例或竞价型实例。



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