介词 in 和 with 表示“用”的区别：

1. in 一般只用在说话、书写、绘画等特殊场合；with 则强调使用的工具和手段。例如：

Fill in the form in pen. 用钢笔填写表格。

The boy used to write his exercises with a pencil, but now he does them with a pen. 这个男孩过去常用铅笔做练习，现在他用钢笔做。

第一句中 in pen 强调纸上书写的结果，而第二句则强调工具。

2. in 强调“在......中”的概念；with 则仅表示“用”。例如：

We saw her holding a baby in her arm. 我们看见她把孩子抱在怀里。

We saw her holding a basket with her arm. 我们看见她用胳膊挎着篮子。

注：在下面一句中，in 不宜改成 with：

And there's some hot water on the stove to wash your face in. 火炉上有热水，你可以用它洗脸。

——以上摘自《薄冰英语惯用法词典》p.410

3. 在语言名词前面用 in ，例如： 

in English 用英语

4. in words of one syllable (= using very simple language) 用简单的语言 

Could you say that again in words of one syllable? 你能用简单的语言再说一遍吗？（摘自《牛津英语搭配词典》第2版英汉双解版）