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1:在线构建RAxML树 CIPRES Science Gateway V 3.3 :https://www.phylo.org/portal2/home.action#
1. CIPRES网站
2. 上传数据,选择RAXML tools
2: 本地RAxML法 安装Linux版本RAxML $ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s example.phy -n ex -T 20 并行化软件支持,能最快速计算。并行化20个任务,每个任务使用8线程,能使用全部160线程计算资源: $ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 8 RAxML 的参数非常多,设置非常复杂,上述常用例子的参数为: -f a 此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。 -x 12345 指定一个 int 数作为随机种子,以启用快速 Bootstrap 算法。 -p 12345 指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。 -# 100 指定 bootstrap 的次数。 -m PROTGAMMALGX 指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释: "PROT" 表示氨基酸替代模型; GAMMA 表示使用 GAMMA 模型; X 表示使用最大似然法估计碱基频率。 -s ex.phy 指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。 -n ex 输出文件的后缀为 .ex 。 -T 20 指定多线程运行的 CPUs 。
3. RAxML结果文件说明: RAxML_bootstrap.ex: 完整的全部bootstrapped trees RAxML_bestTree.ex :最佳得分 ML 树 RAxML_bipartitions.ex :有 bootstrap 分值支持的最佳得分树,分值在 node 上。 RAxML_bipartionsBranchLabels.ex : 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。 说明: -f a: tell RAxML to conduct a rapid Bootstrap analysis and search for the best-scoring ML tree in one single program run. Example: raxmlHPC -f a -s alg -x 12345 -# 100 -m GTRCAT -n TEST. f b: when this is specified RAxML will draw the bipartitions using a bunch of topologies (typically bootstrapped trees) specified with -z (see below) onto a single tree topology specified by -t (typically the best-scoring ML tree). Example: raxmlHPC -f b -t ref -z trees -m GTRCAT -s alg -n TEST. If you use -f a the tree file name RAxML_bipartions.[run_name] will be the best tree with bootstraps. For the f -b approach you first need to estimate a an optimal tree.
4. 查看Tree Figtree: 使用Figtree查看RAxML_bipartions.ex 文件,可显示最佳得分树的bootstrap信息。 MEGA: 使用MEGA软件可压缩显示设定bootstrap阈值的condensed tree。
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