B

          B 因子体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”(diffusion) , 这个“模糊度”实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态。B 因子越高,“模糊度”越大,相应部位的构象就越不稳定（柔性越大）。在晶体学数据中, B 因子一般是以原子为单位给出的,我们可以换算成相应残基的B 因子,从而分析残基的构象稳定性。另外,计算出的B 因子中实际上包含了实验中的很多因素,如晶体结构测定的实验误差等,精度高的晶体结构数据提供较可靠的B 因子数据。

        网上计算B因子的链接：https://www.cmbi.ru.nl/bdb/

        基于Pymol插件的计算方法的链接：

              https://pymolwiki.org/index.php/Average_b

        B-factor与RMSF的关系？

        做完分子动力学后，一般用RMSD或RMSF来衡量蛋白质整体骨架的变化。

RMSD 相对与某一构型的均方根偏差，RMSD 降低表明结构更稳定，结合更牢。

RMSF 相对与平均构型的均方根涨落，B-Factors 和RMSF 差不多，他们反映的是结构在

整个模拟中的平均变化情况。RMSF的数值大说明对应的位置的柔性大，反之相反。

                                                                      RMSF^2=3B/(8*pi^2)

算得RMSF，依此式将RMSF与B-factor 相互转化。