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质量评估：对序列完整度为“Complete”的基因组序列，在5个方面进行质量检测，包括未知碱基（N）数量、简并碱基（非ATGCN的碱基）数量、与参考序列（MN908947）比对后出现的gap（deletion、insertion、indel）数量、变异总数、变异密度（变异数/区间长度，区间长度基于表格中列出的条件进行质量评估，“绿色”表示通过质控检测，“红色”提示没有通过质控检测。将鼠标放置在每个绿色／红色圆点上面将展示数量等信息，详情见表格中的“展示内容”。带有红色圆点的序列需谨慎使用。“N”和简并碱基数目过多，和参考序列比对出现多处gaps，这些情况提示可能由于低覆盖度、低测序深度、技术问题等造成序列质量不高。同时，高变异数和高变异密度提示可能存在异常，用户使用这些序列时有必要进一步核查。如果序列含有较多未知碱基或简并碱基，不再进行变异相关的质量评估。同时，非人源病毒株的序列相对于参考序列变异较多，不进行变异相关的质量评估，仅提供对未知碱基数和简并碱基数的评估。下载表格中“质量评估”一列展示每一质量检测条目对应的数量。变异密度为YES／NO，表示有／无变异密集区。如果没有进行变异检测，显示为“NA”。
未知碱基
简并碱基
Gap数目
变异总数
变异密度
>15
>50
>2
>15
>=0.25
展示内容
未知碱基：数量
简并碱基：数量
Gap数目：数量
变异总数：数量
变异密集区间：区间起始位置~区间终止位置（区间长度-区间内变异总数-变异密度）；不存在变异密集区将显示“NO”
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