生信工具教程

|撰文：莫北

我们拍摄的显微镜（如荧光显微镜，电镜等）照片，一般会用显微镜配套的拍摄软件在照片的固定位置（如右下角）加上标尺（Scale bar）。

但在我们展示的时候，往往需要将照片进行裁剪和排版，照片右下角的标尺往往会被裁剪掉。

那么，这时候如何给照片再加上标尺呢？甚至如何自由设定标尺的大小、实现下图这般的标尺长度“整齐划一”？

在《如何手动给显微镜照片加标尺？》一文已经介绍过如何使用Photoshop手动添加标尺，接下来为大家介绍一种更简单的方法。

这次我们用到的软件是ImageJ，软件教程、安装包与范例照片链接： https://www.omicshare.com/forum/thread-2783-1-1.html

首先，通过File/Open打开需要处理的图片，然后使用放大工具（工具栏第10个，快捷键：Ctrl+“+”放大，Ctrl+“-”缩小）放大图片，重点是放大标尺区域，便于操作。

接下来是设置标尺的真实单位，也就是将图片的像素尺寸（pixels）换算为实际的物理尺寸，如这里的微米。

方法是根据照片中的标尺，用直线工具画一条与标尺等长的线段，然后通过Analyze/Set Scale，设置换算关系，（如果选择“Global“，接下来的照片都以此标准进行换算，直到关闭软件），点OK 完成设置。注意，虽然单位输入的是“um”，但imageJ会自动转换为“µm”，这一点非常人性化！

接下来使用矩形工具框选保留区域（同时按下Shift键绘制正方形选区），就可以通过Image/Crop随意裁剪照片啦，如下，就可将显微照片裁剪成方形的。

完成裁剪后，接着通过Analyze/Tools/Scale Bar为裁剪后的照片添加标尺。

在弹出的Scale bar窗口中，你可以设置标尺的实际大小、粗细、字体的大小、颜色、位置、样式等，具体如下。

其实，标尺的添加位置不仅仅是Location选项中的4种，你也可以在照片的任意位置添加标尺。

你可以在任意位置绘制矩形选区，Location选择At Selection，然后将标尺添加的选区中，具体方法如下。

最后，通过File/Save as导出所需格式的照片即可。

以上就是使用ImageJ为显微照片添加的标尺的方法，是不是非常简单呢？

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