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一文看懂火山图

2023-04-10 18:36| 来源: 网络整理| 查看: 265

一文看懂火山图 火山图可用于展示两组样本间基因表达水平差异的分布状况。 横轴log2 fold change差异表达倍数(Fold Change值,简称FC,根据log2 fold change值的正负判断这些基因的表达量是上升了还是下降了),差异越大的基因分布X轴在两端。 纵坐标用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。 当然,将横纵坐标换下解读是类似的。 接下来让我们看几张图 123.png 结果解读 上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准。 logFC>0.606且p-value<0.05定义为上调的基因, logFC<-0.606且p-value<0.05定义为上调的基因。 图中红色 的点表示上调的基因,蓝色 的点表示下调的基因,黑点 是无显著差异的基因。 两条红竖线外侧为差异表达倍数为2倍以上的基因。 B1横线以上表示p-value<0.05, B2横线以上表示p-value<0.01。 区域1表示|FC|在2倍以内且p-value>0.05,区域2和区域3表示:|FC|>2倍且p-value


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