raw data数据上传NCBI的SRA数据库流程(FTP传输）

在有些科技论文中需要注明转录组测序的原始数据上传到NCBI的SRA数据库后获得的SRP号，以下是一个总体的流程，根据本人的数据上传经验整理，仅供参考

注册NCBI账号,首页Submit→Quick Start选择Nucleotide Sequence下的Sequence Read Archive(SRA)→GO→New submission新的提交，以下序号对应NCBI流程顺序

1.Submitter提交者

填写First name(名),Last name(姓),两个邮箱(一个可以用qq,163,fox邮箱，另一个可用谷歌，雅虎等邮箱)

2.General Information一般信息

Bioproject(生物项目),Biosample(生物样本),Release date(发布日期)都根据自己的需要选择，一般都需要新建

3.Project Info项目信息

Project title和Public description这两项必填，根据自己的需要填写就可以了

4.Biosample Type生物样本类型

根据自己的生物类型选择

5.Biosample Attributes生物样本属性

选择：Upload a file using Excel or text format that includes the attributes for each of your BioSamples

下载文件：Download Excel或者Download TSV

填表：绿色区域必须都填，蓝色区域至少填一个，黄色区域可不填或删除，不知道的可以填not collected, not applicable or missing，其他注意事项表格里都有。

选择文件：上传→可能会出现错误，按提示修改就可以了

6.SRA Metadata SRA元数据

Upload a file using Excel or text format→Download Excel

★表格填完后要将第二个工作簿单独保存为TSV格式，可以将数据复制到txt中，保存再修改文件拓展名。

许多列都给出了可选项，可以直接选择，platform,instrument-model等可以从结题报告中查询，filename注意把文件格式填完整(注意.gz)，不懂的看sheet1的说明和单元格的注释。

7.Files文件

①下载并安装filezilla软件

②选择FTP or Aspera Command Line files for this submission

③复制Address,Username,Password分别到filezilla的主机，用户名，密码中，点击快速连接

④连接成功后，会显示目录读取失败，把Navigate to your account folder cd的：“upload/......”复制到filezilla的远程站点中，并建立子文件夹

⑤从本地站点中找到需要上传的raw date文件，选中右击上传到子文件夹中

★因为filezilla的传输速度较慢，且无线网及流量网络都存在断网可能，为了能够断点续传及减少传输失败的次数，必须要修改filezilla的以下设置：

设置-传输-对已存文件的操作-上传：继续文件传输

设置-连接-超时-超时秒数：60s（默认的20s）

设置-连接-重连设置-最大重试次数：99次（调到最大）

设置-连接-重连设置-登录重试延时：90s（调大一点，防止网络不稳定时频繁重连可能被服务器拉黑）

✦注：Filezilla断点续传的使用方式：

文件传输失败后，不要从“传输失败”中重置并重新请求，直接从本地站点中选择未完成的文件再次上传

⑥所有raw date的文件都上传完成后，select preload folder,选择在远程站点中建立的子文件夹，网页会对上传的数据进行处理，要稍等一会儿。

8.Review & Submit检查和提交

检查页面列出的信息，不对的可以回去修改，确认无误后提交。

需要注意的一点是，上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，但是可以Email联系NCBI的工作人员修改内容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超过48小时，就可以得到确认，并拿到登录号。

以上流程为个人经验，仅供参考