PubMed使用指南(二)：高级检索

上一篇，我们介绍了关于PubMed里面关键词检索的注意事项，以及使用PubMed检索的三个方法。本次对高级检索进行一下说明。

在PubMed中点击Advanced就可以进行高级检索。

在整个高级检索的界面，主要包括了两个部分：检索栏和历史记录

基本操作

在检索栏当中，分成上下两个部分，上面可以输入检索关键词，下面则可以查看具体的检索式。具体的步骤主要分成五步。

假如我们想要检索在Nature当中和在题目中提到突变的文献。那么首先选择杂志类别然后输入“Nature”

点击ADD之后下面就有了检索式。

进一步，选择在题目当中检索突变。这个时候会让选择两个检索式的关系(AND, OR, NOT)。

这里我们选择AND的关系。

选择之后，就有了这样的一个检索式

最后就可以进行检索。高级检索中提供了两种检索方式：“检索”和“添加到历史记录”

“检索”:直接跳转到具体的文献结果页面

“添加到历史记录”:不会返回文献内容而是在历史记录当中显示具体的检索结果(检索式以及检索到的文献个数)。

高级检索类别说明

高级检索中有很多类别。对于其中一些比较常用的，这里就进行一下简单的说明，方便使用。

作者检索

如果想要检索某一个作者的相关的文章，可以使用Author检索条目。Pubmed提供了多个和作者有关的检索条目，例如：作者检索[au]，第一作者[1au]，最后一个作者[lastau]等等。

作者检索当中需要注意的是。在2002年之前的文献, Pubmed记录的作者只有名，没有姓。如果要检索名称的全名的话，只能得到2002年之后的文献。

最后需要注意的是：如果真的要关注某一个作者发表的文章的话，除非世界上上这个人的名字是唯一的，不然的话，只是通过作者检索还是没有的。这里最好还是和作者的附属单位结合起来可能更好一些。

或者也可以通过Author-Identifier[auid]输入想要检索的作者的OCRID，ISNI, VIAF等等ID号也可以进行唯一性检索。例如下面这个。

杂志检索

如果想要了解某一个杂志发表的文章的话，可以使用Journal[TA]进行检索。PubMed支持三种检索方式：

1.完整的期刊名称(e. g., molecular biology of the cell)

2.杂志的简写(e. g., mol biol cell)

3.杂志的ISSN号(e. g., 1059-1524)

另外，如果杂志名称有特殊符号的话。去掉符合之后再进行检索即可。例如"J HAND SURG-AM"则直接检索"J HAND SURG AM"

日期检索

如果想要检索一段时间内的文献的话，可以限定文献发表的时间。

PubMed提供了多种不同的日期检索方式，主要包括以下这种

Date-Publication[dp] :日期搜索包括印刷出版日期和电子出版日期。

Date-Entry [edat] :文献首次进入PubMed的日期

Date-MeSH [mhdat] :用MeSH术语索引文献的日期。

Date-Create [crdt] :文献的首次创建日期。

【提示:有时候文献有两个发表日期：印刷出版日期和电子出版日期。这两个日期跨度可能会特别大。一篇于2018年11月在线发表的文章，可能会在2019年11月发表在印刷版上。如果一个文章两个日期都有，则按照印刷日期来算。

所以如果要使用[dp]进行检索的话，如果在18年11月份检索新发表的文章的话会找到这个文献，在19年11月份再次检测新发表的文章的话，也会找到这个文章。】

日期检索式

在日期检索当中，使用格式yyyy/mm/dd 来输入日期。其中月份和日期可选。

日期间隔使用冒号(:)输入日期范围。例如：disease AND 2019/01/01: 2019/12/01 [dp]

如果是一整年的综合搜索应输入为2000: 2000 [dp]而不是2000 [dp]。

相对日期范围检索

除了输入具体的日期，还可以检索距今日多久之前的相对日期。主要是通过输入年月日来进行检索。

term="last X days"[date field]

term="last X months"[date field]

term="last X years"[date field]

其中[date field]包括[dp], [edat] or [crdt]。这类的输入只能是通过标签来输入，高级检索当中没办法输入。

标题/摘要

关键词检索的默认范围是[all fields]。这样会检索文章的各个方面。但是有时候一篇文章可能只是在一句话当中提到了这个关键词。整个研究可能就关键词没有关系。为了减少这些混淆的文献，就可以在Title/Abstract[TIAB] 当中检索相关结果。

例如，在所有区域检索突变和在标题/摘要当中检索突变结果少了几乎一半。

以上就是常用到的一些高级检索类别。如果想要链接其他的内容可以查看：Help - PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#advanced-search

历史记录

高级检索中除了可以自定义构建检索式之外，还可以看到之前的检索的历史记录。在历史记录当中可以看到每一个检索的检索式以及有多少相关的文献。

每一个之前检索的结果，PubMed都会进行编号。如果想要对之前检索结果进行逻辑合并检索的话，在可以直接使用前面的编号即可。例如我们想看第四个检索结果(#4，杂志J HAND SURG-AM的检索结果) 以及第九个检索结果(#9，突变在标题和摘要当中的检索结果) 两者之间的重叠的文献。就可以直接输入 #9 AND #4 即可。

除了使用编号检索之外，还有一个Actions的动作。Action 包括了三个选项：添加到检索栏；删除检索记录以及创建提醒。

添加到检索栏:类似于把编号放到检索栏当中一样。只不过通过这个动作更加形象的知道检索的是什么内容。

创建提醒:可以对检索内容创建一个邮件提醒。如果检索内容有新的文献发表了，就可以发邮件提醒。

最后在历史记录当中还有一个Details。点击里面的那个∨就可以看到具体的检索式是什么了。例如不加限定的mutation的实际检索结果就是下面这一堆。

具体原理可见: [[pubmed-使用指南#ATM搜索系统]]

历史记录使用场景

上面介绍了历史记录的基本操作。关于不同检索记录的联合使用主要还是用于制作复杂检索式。比如想要在Nature, Nature Communication以及Nature medicine三个杂志当中寻找和甲基化有关但是和突变没有关系的文献。

那就首先可以创建一个三个杂志并列的检索式。并把这个检索公式添加到历史记录当中。

进一步创建一个有甲基化但是没有突变的检索式

在创建好第二个检索式之后，直接通过Action把前面杂志的检索式加进去就可以了。

                                                 图书馆

                                                2022年1月11日