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欢迎关注”生信修炼手册”! ROSE是最经典的超级增强子预测软件,由Richard A. Young大牛团队开发,源代码的网址如下 http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html 在下面这篇文章中介绍了超级增强子的定义和发现过程,文章标题如下 Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes 发表在cell杂志上,链接如下 https://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(13)00392-900392-9) 首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的水平非常高。除了Med1之外,还比较了其他几种转录因子或者组蛋白修饰的数据 |
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