教程

PLATON是晶体解析与处理过程的必备软件，本文详细介绍其升级空间群（ADDSYM-search for higher metrical symmetry）、去除溶剂分子（SQUEEZE-model disordered electron density）、计算空隙率（SOLV-Calculate potential solvent-containing voids）和获得氢键参数（CALCALL）等。

1. 升级空间群

一般而言，如果我们选择较高的空间群看不出配体的结构，可以在相同（或不同）晶系下选择对称性较低的空间群，等结构解出后再升级空间群，之后进行精修即可。比如都是三斜晶系，P-1的对称性比P1高。下面以Dalton Trans. 2012, 41(22), 6813-6819文章里的数据为例，讲述下整个过程。

选择B，P1空间群

解析后能看出配体的结构，此时就要尝试升级空间群了。打开PLATON软件，File——Select Data File，然后点击三角形图标Δ，就会提示是否有更高的对称性。然后点击Publish——ADDSYMSHELX。此时，再打开晶体解析的文件，见下图。

这样升级空间群的结构就结束了，但是要进行下一步精修的话，要把Q峰这一栏删去，也就如下图。

2. 去除溶剂分子很多配合物的溶剂分子是高度无序或者是没法解析，在金属有机框架（MOFs）材料的孔道里的溶剂分子特别明显，因此需要用SQUEEZE去除溶剂分子，以提高数据的质量。现在以Cryst. Growth Des. 2016, 16(12), 6776-6780文章里的数据为例详细解析。打开PLATON软件，File-----SelectData File，然后点击水龙头左边那个图标，就开始算残余电子，并生成三个文件sqz、sqf、hkp。

把原有的hkl文件删除，再把hkp文件重命名为hkl文件，然后再解析，就没有溶剂分子了。注意的是，要把sqf文件里的内容复制到CIF文件最后面。

3. 获得空隙率还是以上面的数据为例，导入数据后，点击水龙头（SOLV-Calculate potential solvent-containing voids）S的标志，等待一小会，相关数据就已经出来了，如下图。

4.获取氢键参数以Inorg. Chem.2013, 52(16),9163-9165文章中的数据为例，导入ins文件，File——Select Data File，然后点击Publish里的CALCALL，生成的是lis文件，里面就可以查到氢键的参数了。查找Donor和Acceptor便能发现氢键表格，如下：

科研很苦，坚持很酷

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