冠状病毒测序

NGS可以对患者样本中的新型病原体进行无偏好的检测，且无需事先了解该生物体。

传染病检测的一个关键挑战是许多导致人类呼吸道疾病、消化系统疾病和其他疾病的微生物（包括病毒）尚未被研究和鉴定，因此无法通过靶向方法（例如PCR，其开发需要病原体基因组知识）来了解或检测它们。NGS在发现这些未知的新病原体中起着至关重要的作用，它获得的基因组序列可用于开发常规检测（例如PCR），帮助临床医生管理患者。

NGS可用于追踪病原体基因组的进化，帮助公共卫生人员监控疫情的传播并在群体水平上确定更好的隔离计划。随着时间的推移，对来自不同患者的病毒进行测序，可以确定病毒进化的速度，并了解病毒当下的变化是否会影响其致病性以及诊断效果或治疗效果。PCR旨在检测病原体基因组特定区域的存在，不会在这些快速进化的病原体基因组中识别出新的突变。此外，如果引物或探针结合区域发生突变，PCR的性能可能会受到影响。