新型冠状病毒文献梳理(2020.02.19)

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本文检索并整理了世卫组织公布新冠病毒全球研究的九大重点：新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法；识别动物宿主；流行病学研究；临床特征和管理；疫情防控；候选疗法的研发；候选疫苗的研发；伦理评估；应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素九个领域的新文献，共梳理出 10篇文献，供参考。详情如下：

一、新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法

1. 2020年2月13日《Journal of Medical Virology》SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV这三种新兴的人类致病性冠状病毒病理学和发病机理的重叠和差异之处综述

机构或团队：华中科技大学同济医学院附属协和医院、杜伊斯堡 -埃森大学医院附属埃森大学医院、华中科技大学感染与免疫国际联合实验室

事件概要：

2月13日，华中科技大学附属协和医院等在Journal ofMedical Virology 发表综述“Overlappingand discrete aspects of the pathology and pathogenesis of the emerging humanpathogenic coronaviruses SARS‐CoV, MERS‐CoV, and 2019‐nCoV”，概述了SARS-CoV，MERS-CoV和2019-nCoV这三种新兴的人类致病性冠状病毒病理学和发病机理的重叠和差异之处。

新型冠状病毒（2019-nCoV）于2019年12月31日在中国武汉首次报道，后的持续暴发，引起了全球极大的关注。根据国际卫生条例紧急委员会的建议以及迄今为止还有24个国家也报告了病例的事实，世卫组织总干事宣布2019-nCoV的暴发构成了2020年1月30日国际关注的突发公共卫生事件。严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸系统综合症冠状病毒（MERS-CoV），2019-nCov以及其他尚未确定的冠状病毒与其它两种高致病性冠状病毒一起对全球公共卫生构成威胁。该小型综述中简要介绍了SARS-CoV和MERS-CoV的病理学和发病机理，并将此知识外推至最新确定的2019-nCoV。

该综述指出，SARS-CoV和MERS-CoV暴发造成了很大的悲剧，但从中汲取的全面经验教训，为如何应对2019-nCoV流行提供了宝贵的经验和见识。抑制病毒传播并破坏病毒复制的药物可能会减少冠状病毒引起的直接细胞病变作用，以及仅在呼吸道中作用、抑制宿主炎症反应的治疗方法（例如通过抗体或中和细胞因子或其同源受体的化合物，如抗IL-6，抗IL -6R或抗IL-1β），可减少病毒触发的免疫病理。研究人员推断，对于更严重的人类冠状病毒感染，此类治疗的组合将是最合适的治疗策略。但是，该论述表示人们必须牢记，目前尚无针对SARS，MERS和2019-nCoV的抗病毒治疗方法，因此必须进一步研究人类冠状病毒感染的发病机制才能确定合适的治疗靶标。

原文链接： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jmv.25709

2.2020年2月17日medRxiv预印版：天津大学等团队开发深度学习算法，利用CT图像进行COVID-19冠状病毒疾病筛选

机构或团队：天津医科大学肿瘤医院、天津大学、国家超级计算天津中心、西安交通大学第一附属医院、南昌大学第一医院、西安医学院第八医院

事件概要：

2月17日，medRxiv上发表了天津医科大学肿瘤医院、天津大学、国家超级计算天津中心等研究团队的题为“Adeep learning algorithm using CT images to screen for Corona Virus Disease(COVID-19)”的文章。

为控制COVID-19传播，首先应对大量疑似病例进行筛选，采取相应的检疫和治疗措施，其中基于下呼吸道标本的病毒核酸检测是当前的诊断金标准。然而，在感染地区，实验室检测的有效性和质量是目前面临的一个挑战，因此迫切需要替代诊断方法来对抗此次疫情。

本文章假设根据COVID-19在CT图像中的影像学变化，利用人工智能的深度学习方法可以在病原学检测之前提取COVID-19的特异性影像特征来提供临床诊断，从而为疾病控制节省关键时间。为了验证这一假设，研究人员收集了453张病原学确诊的COVID-19病例，以及用于先前诊断的CT图像。以217幅图像作为训练数据集，采用初始迁移学习（inceptionmigration-learning）模型建立算法。结果表明，内部验证的总准确率为82.9%，特异性为80.5%，敏感性为84%。外部测试数据集的总准确率为73.1%，特异性为67%，敏感性为74%。这些结果表明，利用深度学习方法提取影像学特征，从而实现COVID-19的诊断具有重要价值。

原文链接： https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.14.20023028v1

3.2020年2月17日medRxiv预印版：华东地区的多中心研究—探讨新型冠状病毒性肺炎的诊断策略

机构或团队：复旦大学附属华山医院，视觉医疗有限公司，上海交通大学附属第六人民医院，上海交通大学医学院附属第九人民医院，复旦大学附属上海第五人民医院，先声医学诊断有限公司

事件概要：

多家机构的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“Optimizingdiagnostic strategy for novel coronavirus pneumonia, a multi-center study inEastern China”，探讨了新型冠状病毒性肺炎的诊断策略。

文章提到，自2019年12月以来，由新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的COVID-19在湖北省武汉市出现，并在中国乃至全球范围内迅速爆发。湖北以外的城市也面临巨大挑战，需要实施有效可行的策略来精确诊断新型冠状病毒性肺炎（NCP）。科研人员描述了一项2020年1月22日至2月9日在中国东部城市对NCP疑似患者诊断策略的多中心前瞻性研究。从患者中收集鼻咽拭子，获得了流行病学特征、临床症状、实验室评估和计算机断层扫描（CT）扫描的结果。科研人员进行了病原体筛查，包括RT-PCR、多重PCR、快速流感抗原检测和mNGS。科研人员招募了53名疑似NCP患者，其中20名经过实验室确认，第一次和第二次SARS-CoV-2RT-PCR检测分别为十四例（70％）和3例（15％），所有NCP患者的mNGS均为阳性。早期NCP患者的胸部CT图像和症状与其他病毒性肺炎患者相似，科研人员在NCP病例中共鉴定出20例合并感染中的11例同时感染了常规呼吸道病毒、真菌和细菌的病患，基因组分析表明，10例中有8例病毒基因组没有突变，而2例中N基因只有一个单突变。研究发现，在湖北省以外的地区推荐使用胸部CT，SARS-CoV-2 RT-PCR和多重PCR的组合诊断方法，存在其他病原体与SARS-CoV-2的共同感染，应予以确认。重复采样、改变标本类型或宏基因组学测序可能会进一步促进关键临床病例的诊断。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用.

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022673v1.full.pdf

二、识别动物宿主

1.2020年2月4日bioRxiv预印版：2019-nCoV冠状病毒的系统生物学分析发现2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒的蛋白质序列同一性为91.1％

机构或团队：博洛尼亚大学

事件概要：

意大利博洛尼亚大学的研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Phylogenomicanalysis of the 2019-nCoV coronavirus”，该研究对2019-nCoV冠状病毒进行了系统生物学分析。

文章指出，最近出现的新型冠状病毒（2019-nCoV）引起了全球关注。为了了解这种病毒的进化起源和分子特征，全球科学界在最近几周内发布了完整的基因组序列。利用当前可用的所有基因组信息，科研人员构建了系统发育树，其中包括其他冠状病毒科的代表，例如蝙蝠冠状病毒（BCoV）和SARS，其鉴定了特定的BCoV基因组，这些基因组似乎相对于新病毒最接近，蛋白质序列同一性为91.1％，为2019-nCoV的人畜共患病起源提供了进一步的证据。尽管基因组中有一些高变区，但还检测到了2019-nCoV标本中可用的保守区域。此外，科研人员还与其他冠状病毒科进行了完整的蛋白质组学比较，确定了关键的氨基酸差异以建立抗病毒策略的模型。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.02.931162v1

三、流行病学研究

1.2020年2月17日medRxiv预印版：关于中国COVID-19感染人数随时间变化的估算

机构或团队：北京大学北京国际数学研究中心；北京大学数学科学学院；北京大学公共卫生学院生物统计系；宁波诺丁汉大学理工科学院；国家卫生和计划生育委员会；首都医科大学附属北京妇产医院；首都医科大学附属北京妇产医院

事件概要：

medRxiv于2月17日出版了北京大学北京国际数学研究中心等发表的预印本论文“Estimationof the Time-Varying Reproduction Number of COVID-19 Outbreak in China”。更新其于2月8日发表的预测结果。

文章指出，截至2020年2月11日，国家卫健委发布全国共有44730例COVID-19新型冠状病毒感染性肺炎确诊病例。文章采用三种方法来估算基本和受控的感染人数，分别是泊松似然法（ML），指数增长率法（EGR）和移出随机易感人群的动态模型方法（SIR）。

文章研究结果显示，截至2020年2月2日，在湖北省以外的5405例确诊病例中，共鉴定出71条传播链，包括症状发作日期和67次感染日期。基于此信息，研究人员发现传播的时间间隔平均值为4.41天，标准差为3.17天，传染周期平均为10.91天，标准差为3.95天。

文章总结到：控制的感染人数正在下降。在中国的大多数地区控制的感染人数均低于 1，但是湖北地区受控的感染人数扔高于1。未来还需要持续的努力，将受控感染人数Rc进一步降低到1以下，才能结束当前的疫情。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.08.20021253v2

2.2020年2月17日medRxiv预印版：新型冠状病毒传染病（COVID-19）无症状比率的估计

机构或团队：日本北海道大学、大阪公共卫生研究所

事件概要：

日本北海道大学等于2020年2月17日在medRxiv发表题为“Estimation of theasymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19)”的文章，更新了对该撤侨航班的COVID的确诊情况。

565名日本公民从中国武汉撤回日本。对所有乘客进行症状筛查和逆转录聚合酶链反应检测，确认5名无症状和7名有症状的乘客在2019-nCoV中呈阳性反应。筛选结果表明无症状比率为41.6％。该研究团队曾与2月11日发文称确认了4名无症状和4名有症状的乘客[1]。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

原文链接https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.03.20020248v2

3. 2020年2月17日medRxiv严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染肺炎（COVID-19）的传播和流行病学特征：与2003-SARS比较的初步证据

机构或团队：陕西中医学院、咸阳市疾病预防控制中心、山东省妇幼保健院

事件概要：

陕西中医学院等于2020年2月17日在medRxiv发表题为“Transmission andepidemiological characteristics of Severe Acute Respiratory SyndromeCoronavirus 2 (SARS-CoV-2) infected Pneumonia (COVID-19): preliminary evidenceobtained in comparison with 2003-SARS”的文章，更新了其对COVID-19传播和流行病学特征的分析。该团队曾与2月2日发文，对从16个省卫健委网站上获得了287例确诊的新型冠状病毒肺炎患者信息进行的传播和流行病学分析[1]。

通过收集国家卫生和预防保健委员会（NHCPRC）和世界卫生组织（WHO）网站上COVID-19和2003-SARS资料，分析两种传染病的传播动态。从18个省卫生委员会网站获得853例确诊COVID-19患者资料。采用描述性流行病学分析方法，对流行特征进行了分析。根据确诊的COVID-19病例资料，建立多元函数模型。结果发现，COVID-19新发病例和死亡病例的增长速度明显快于2003-SARS。武汉等内陆地区确诊病例数均呈上升趋势。COVID-19的病死率低于2003-SARS，治愈率较高。COVID-19患者年龄主要集中在30-50岁（60.61%）。第一代COVID-19患者的危害性高于第二代患者。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

原文链接https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.20019836v4

四、临床特征和管理

1.2020年2月18日《The Lancet Respiratory Medicine》中国国家感染性疾病临床研究中心通过死亡患者的活检样品分析与急性呼吸窘迫综合征相关的COVID-19的病理学特征

机构或团队：解放军总医院第五医学中心国家感染性疾病临床研究中心

事件概要：

2月18日，解放军总医院第五医学中心国家感染性疾病临床研究中心在TheLancet Respiratory Medicine上发表论文“Pathologicalfindings of COVID-19 associated with acute respiratory distress syndrome” ，发布了通过解剖获取活检样品调查的因严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）严重感染而死亡的患者的病理特征的病例报告。这项研究符合中国国家卫健委会发布的法规和赫尔辛基宣言。

2020年1月21日，一名50岁的男子因发烧、发冷、咳嗽、疲劳和呼吸急促的症状就医。其具有1月8日至12日的武汉旅行史，于1月14日（患病第1天）出现了轻度发冷和干咳的最初症状，但直到1月21日才去就医。胸部X光检查显示两个肺部都有多个斑片状阴影，并采集了咽拭子样本。1月22日（发病第9天），核酸检测确诊COVID-19。

该患者立即被送进隔离病房，并通过面罩补充氧气。给予其干扰素 α-2b（每天两次，雾化吸入500万单位）和洛匹那韦加利托那韦（每天500 mg，口服两次）作为抗病毒治疗，并给予莫西沙星（每天一次，0.4g，静脉注射）以预防继发感染。鉴于严重的呼吸急促和低氧血症，服用甲基泼尼龙（80mg，每天两次，静脉注射）可减轻肺部炎症。接受药物治疗后，患者体温从39.0°C降至36.4°C。但是咳嗽、呼吸困难和疲劳没有改善。在发病第12天，除了最初的症状，其胸部X光片显示两肺进行性浸润和弥漫性网格阴影。由于患有幽闭恐惧症，他一再拒绝重症监护病房的呼吸机支持。因此，他接受了高流量鼻导管（HFNC）氧气疗法（浓度60％，流速40 L / min）。在发病第13天，患者的症状仍没有改善，但是氧饱和度保持在95％以上。在发病第14天下午，他的低氧血症和呼吸急促恶化。尽管接受了HFNC氧疗（浓度100％，流速40 L / min），但血氧饱和度降至60％，并且患者突然出现了心脏骤停。立即给他进行有创通气，胸部按压和肾上腺素注射。不幸的是，救援没有成功，他于北京时间18:31死亡。

活检样本取自患者的肺、肝和心脏组织。组织学检查显示双侧弥漫性肺泡损伤伴细胞纤维粘液样渗出物。右肺显示出明显的肺细胞脱落和透明膜形成，表明急性呼吸窘迫综合征（ ARDS）。左肺组织显示出肺水肿和透明膜形成，提示早期ARDS。在两个肺中均可见到以淋巴细胞为主的间质单核炎性浸润。在肺泡内腔中鉴定出多核合胞细胞，其中非典型的肺炎细胞具有较大的核，两亲性粒状细胞质和突出的核仁特征，表现出病毒性细胞病变样变化。没有发现明显的核内或胞浆内病毒包涵体。

COVID-19的病理特征与SARS和MERS冠状病毒感染非常相似。此外，肝活检标本显示中度微血管脂肪变性和轻度小叶和门脉活性，表明该损伤可能是由SARS-CoV-2感染或药物引起的肝损伤引起的，但尚无确凿证据。间质中有少量单核炎性浸润，但心脏组织中没有其他实质性损害。

准备外周血用于流式细胞术分析。研究人员发现，外周 CD4和CD8 T细胞的数量大大减少，而它们的状态却被过度激活，这可以通过高比例的HLA-DR（CD4 3、47％）和CD38（CD8 39.4％）双正分数证明。此外，CD4 T细胞中高度促炎性CCR4 + CCR6+ Th17的浓度增加。此外，发现CD8T细胞具有高浓度的细胞毒性颗粒，其中31.6％细胞为穿孔素阳性，64.2％细胞为颗粒溶素阳性，30.5％细胞为颗粒溶素和穿孔素双阳性。结果表明，以Th17的增加和CD8 T细胞的高细胞毒性为表现的T细胞过度活化，部分地解释了该患者的严重免疫损伤。

研究人员表示，尽管不建议常规使用糖皮质激素治疗SARS-CoV-2肺炎，但根据其肺水肿和透明膜形成的病理结果，对于重症患者，应考虑及时并适当地使用糖皮质激素和呼吸机支持阻止ARDS的发展。淋巴细胞减少症是COVID-19患者的常见特征，可能是与疾病严重程度和死亡率相关的关键因素。

https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(20)30076-X/fulltext#articleInformation

五、疫情防控

无

六、候选疗法的研发

1. 2020年2月10日《Nature reviews drug discovery》：老药新用来“战疫”！60多种药物或可用于抗击新冠肺炎

机构或团队：中南大学湘雅公共卫生学院流行病学与卫生统计系、比利时鲁汶大学雷加医学研究所

主要内容：

2月10日，《Nature reviews drugdiscovery》杂志发表的一篇文章提出，或许可以借助已获批准或正在研发的一些药物治疗新冠肺炎，比如用于治疗HIV、乙型肝炎病毒（HBV）、丙型肝炎病毒(HCV)和流感的现有抗病毒药物。

这项新报告基于SARS和MERS的治疗经验，从病毒靶向药物以及宿主靶向药物两方面探讨了重新利用现有抗病毒药物治疗2019-nCoV的潜力，其中有一些药物已经进入临床实验。

病毒靶向药物

核苷类似物Favipiravir、Ribavirin、Remdesivir和Galidesivir治疗该疾病的效果值得期待，并且这四种药物目前已经进入临床实验。

根据此前的报道，包括二硫仑、Lopinavir和Ritonavir在内的蛋白酶抑制剂对SARS和MERS具有活性。尤其是Lopinavir和Ritonavir，这两种药物曾被泰国用于治疗新冠肺炎，并成功帮助一名71岁患者恢复健康。

宿主靶向药物

目前，已被批准用于治疗乙肝病毒和丙肝病毒感染的聚乙二醇化干扰素α-2a和-2b，或许可以用于刺激新冠病毒感染患者的先天性抗病毒反应。相关临床试验已经启动，不过由于皮下注射干扰素治疗会有多种不良反应，在进行临床试验时必须密切监视其疗效。

此外，氯喹（Chloroquine）、硝唑尼特（Nitazoxanide）等小分子试剂可能会调节SARS-CoV-2的病毒-宿主相互作用。

值得注意的是，这篇文章揭示了目前或可用于治疗新冠肺炎的一些药物，至于哪种药物治疗效果更好，其中并未涉及。不过，在这此前，发表在《 Nature》另一子刊上的一篇文章对上文所提到的7种药物进行了测试，并提出Remdesivir和氯喹可能具有更好的疗效。

原文链接： https://www.nature.com/articles/d41573-020-00016-0

七、候选疫苗的研发

无

八、伦理评估

无

九、应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素

1.2020年2月12日《Lancet》：2019-nCoV暴发期间香港存在的反华情绪

机构或团队：香港中文大学公共卫生与初级保健学院、香港教育大学社会科学系

主要内容：

文章来自香港中文大学公共卫生与初级保健学院教授YatNorkChung与香港教育大学社会科学系讲师Ming Li发表在《Lancet》的一篇通讯。观点：香港一些社区自行发起带有反华情绪公共卫生预防策略，并试图影响政府的政策。对某一特定群体的偏见可能使公共卫生措施失去应有的干预效果。偏见带来的愧疚、压力和羞耻感会导致真正的病毒携带者向有关部门隐瞒病情、延误医治。在国际范围内的公共卫生危机中，道德考量不仅仅是出于理智，更是任何有效应对措施的关键所在。

原文链接： https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30358-5

来源：公共卫生学术热点追踪

（资料来源：中国科讯、 COVID-19科研动态监测、生物探索、春风实验室）

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