网络药理学常用数据库汇总

大家好，现在给大家汇总一下网络药理学常用的一些数据库。

先说明以下4点：

（1）目前有不少人都在建设各类医药数据库，所以数据库是层出不穷的，不要过于纠结或者恨不得把所有数据库都学一遍；

（2）一些同学在面对新的数据库会感到畏惧，不会操作，其实都可以自己百度或者检索相关教程，百度没有就谷歌检索。另外一般大数据库都有自己发表的文章，也有自己的网站介绍，仔细读读看看，大胆操作，数据库点错了又不会损失什么；

（3）一些网站有时候打不开或者一直打不开很正常。要知道一些网站需要维护，暂时会关闭一段时间。或者一些人做数据库就是为了发文章，文章发完也不维护网站了。也有可能就是项目凉了。一个数据库用不了换一个就行；

（4）数据库肯定还会有新的，这里汇总不保证全，但我尽量搜集全，如果这里有不足之处，大家可以一起补充的。我也可以再出新的一期专栏。

一：中药数据库汇总

主要是用于获取中药成分的，有些数据库包含了其靶点。

1. TCMSP

https://tcmsp-e.com/ (网址1）；old.tcmsp-e.com/tcmsp.php (网址2）https://tcmsp-e.com/（网址3） 打不开的话就换老版网站，还打不开换个浏览器试试

2. ETCM

http://www.tcmip.cn/ETCM/

3. HERB

http://herb.ac.cn/ （包含动物、矿物药)

4. BATMAN-TCM

http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 

5. TCMID

 http://www.megabionet.org/tcmid/（包含动物、矿物药，无靶点信息）

6. SymMap

http://www.symmap.org/ ; 

https://www.bioinfo.org/symmap (中医证候与西医疾病病的对应，个人感觉这一块非常一般）

7. NPASS

 http://bidd2.nus.edu.sg/NPASS  (包含动物药）

8. YaTCM

 http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home （目前打不开）

9. TCM-MESH

http://mesh.tcm.microbioinformatics.org/ （目前打不开）

10. TCM-ID

 http://bidd.nus.edu.sg/group/TCMsite/Default.aspx（无靶点信息）

11. TCM@Taiwan: TCM Database@Taiwan   

http://tcm.cmu.edu.tw(老早以前打不开，现在能打开）    

12. HIT: Herbal Ingredients‘ Targets Database Introduction   

http://lifecenter.biosino.org/hit/   （以前能打开，目前打不开）

13. 化学专业数据库

http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.htm(需要寻找中药材）

14. 抗肿瘤天然产物数据库

http://www.acnpd-fu.com

15. HIT数据库

http://www.badd-cao.net:2345/

16. 中药免疫肿瘤学数据库

tcmio.xielab.net

二、获取化合物信息的数据库

有时候需要搜集中药化合物的各种信息如ADMET信息(T为毒性)，一些网站也整理了化合的靶标，类似的网站很多

1. Pubchem （美国国家生物信息中心）

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

2.  Swiss ADME （主要是预测）

http://www.swissadme.ch/

3.  中科院化合物参考数据库 

http://www.chemcpd.csdb.cn/cmpref/default.asp （既有中药与有效成分数据，也有ADMET预测功能）

4. ProTox-II - Prediction of TOXicity of chemicals (charite.de)

https://tox-new.charite.de/protox_II/ (专门预测化合物毒性的数据库)

5. ChEMBL 药物化学数据库

http://www.ebi.ac.uk/chembl（也能预测靶标，但比较有限）

6. DrugCentral 数据库

https://Drugcentral.org/

7. STITCH 数据库

http://stitch.embl.de/  (预测化合物与蛋白结合)

8. PharmMapper

http://lilab-ecust.cn/pharmmapper/   (预测化合物与蛋白结合)

……挺多的，就不一一列举了。

一些中药数据库自带化合物的ADME属性信息，如TCMSP , ETCM等，自己可以多注意。

三、疾病数据库汇总

主要是用于收集疾病相关靶点的。

1. GeneCards

https://www.genecards.org/ds

2.  OMIM

https://omim.org/

3. Drugbank

https://go.Drugbank.com/(一个大型综合数据库，化合物，疾病靶点，适应症，比较丰富，归在这里可能不合适)

4.  TTD

http://db.idrblab.net/ttd/

5. DisGeNET

https://www.disgenet.org/

6. GEO 

7. TCGA（这俩网址不放了，太常见了）

8. GEPIA

http://gepia.cancer-pku.cn/

8. Malacards

malacards.org/

还有就是一些专病数据库了，包括心血管、肿瘤学、抑郁症、环境毒物遗传数据库就不展开说了。

四、生物信息学相关数据库/平台

大家应该都知道的 

1. 蛋白质数据库：

https://www.uniprot.org/ 

2. 蛋白质互作STRING数据库

https://www.string-db.org/  （蛋白质互作数据库有好几个，但这个默认是用得最多的）

其他数据库可以自己检索一下，另外 Cytoscape 软件里的Bisogenet集成了 DIP，BIOGRID，HPRD，BIND，MINT和INTACT 蛋白互作数据库。

3. DAVID

https://david.ncifcrf.gov/

4. Metascape

https://metascape.org/ （最推荐的）

5. FunRich

http://www.funrich.org/ 

6. KEGG 

https://www.kegg.jp/

一般可以用于查通路，画信号通路用，总之比较综合。

7. Reactome 

https://reactome.org/

不足的地方，大家可以一起补充。