易基因：单细胞转录组测序（scRNA

2024-07-10 14:17| 来源: 网络整理| 查看: 265

研究结果

（1）单细胞转录组分析揭示猪窦卵泡中的三种主要细胞类型

图1：猪窦卵泡中体细胞的细胞聚集。

（A）猪窦卵泡细胞的收集、制备和测序步骤。

（B）CellRanger鉴定的样本数据汇总。

（C）样本的UMAP的细胞簇。

（D）细胞类型。

（E）细胞簇中典型标记基因的表达模式。

（2）猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化

图2：样本AF75和AF76之间的视觉差异。

（A） UMAP图显示AF75（上）和AF76（下）中与卵泡闭锁和降解相关的基因表达，颜色深度与表达水平呈正相关。

（B）主成分分析（PCA）表明O75卵母细胞为Ⅱ型卵母细胞。

（3）壁层颗粒细胞（mGC）的亚群鉴定和mGC中类固醇合成相关基因表达

图3：壁层颗粒细胞（mGC）的亚群鉴定。

（A） t-SNE图显示了mGC的四个亚群。

（B）样品AF75和AF76中的mGC细胞分布。

（C）每个mGC亚群中有五个代表性的DEG。

（D）每个mGC亚群DEG的KEGG功能富集分析。

（E）与激素合成过程相关的基因表达。

（4）卵丘颗粒细胞（cGC）的亚群鉴定和注释揭示AF75和AF76之间的代谢差异

图4：卵丘颗粒细胞（cGC）亚群鉴定。

（A） t-SNE图显示cGC的五个亚群。

（B）样品AF75和AF76中cGC的细胞分布。

（C）每个cGC亚群有五个代表性的DEG。

（D）每个cGC亚群中DEG的KEGG功能富集分析。

（E）卵丘扩展（cumulus expansion）、缝隙连接(gap junction)和葡萄糖代谢（glucose metabolism）相关基因表达。

（5）颗粒细胞亚群间的细胞通讯

图5：颗粒细胞不同亚群之间的细胞通讯。

（A） AF75（左）和AF76（右）中不同颗粒细胞亚群之间的双向通讯。

（B）关键分子促进了AF75（左）和AF76（右）中mGC和cGC亚群之间的通讯。

（C） AF75（上）和AF76（下）中EFG、NOTCH和WNT信号通路传导。

研究结论：

本研究重点是表征猪卵巢窦卵泡内体细胞的分子和细胞特征，从而鉴定出壁层颗粒细胞和卵丘颗粒细胞内的离散亚群。分析结果揭示这些亚群之间的细胞间通讯广泛，表明它们协同参与了卵泡发育的复杂过程。此外，对两个卵泡的比较分析显示，细胞分布和功能存在差异，可能与不同的成熟状态有关。本研究结果极大促进了对颗粒细胞异质性的理解，并阐明它们对卵泡发育协调的关键贡献。

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（4）碱基分辨率高：可达单碱基分辨率，且可以定位到具体基因的具体转录本;

（5）实验可控：质控点多，可从实验的开端判断细胞状况。

研究方向：

可应用于细胞分子机制中细胞异质性研究，解决因样本量少而无法进行高通量测序的情况。

免疫学研究肿瘤及微环境研究绘制组织精细化表达图谱早期胚胎发育

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参考文献：Chen, N.; Zhang, Y.; Tian, Y.; Wu, S.; Gao, F.; Yuan, X. Deciphering Cellular Heterogeneity and Communication Patterns in Porcine Antral Follicles by Single-Cell RNA Sequencing. Animals 2023, 13, 3019. https://doi.org/10.3390/ani13193019