优化GPU显存不足，提高GPU利用率

1 常用GPU显存不足时的各种Trick

1）监控GPU

2）估计模型显存

3）显存不足时的Trick

4）提高GPU内存利用率

2 数据处理及算法角度提高利用率

       监控GPU最常用的当然是nvidia-smi，但有一个工具能够更好的展示信息：gpustat

       GPU的内存占用率主要由两部分组成。

       一是优化器参数，模型自身的参数，模型中间每一层的缓存，都会在内存中开辟空间来进行保存，所以模型本身会占用很大一部分内存。模型自身的参数指的就是各个网络层的 Weight 和Bias，这部分显存在模型加载完成之后就会被占用， 注意到的是，有些层是有参数的，如CNN， RNN；而有些层是无参数的， 如激活层， 池化层等。从Pytorch 的角度来说，当你执行    model.to(device) 时， 你的模型就加载完毕，此时你的模型就已经加载完成了。

       二是batch size的大小，在模型结构固定的情况下，尽量将batch size设置大，充分利用GPU的内存。

       计算模型参数量：torchsummary

       此处不讨论多GPU，分布式计算等情况，只讨论一些常规的Trick。

降低batch size

       适当降低batch size，则模型每层的输入输出就会成线性减少， 效果相当明显。batch_size是训练神经网络中的一个重要的超参数，该值决定了一次将多少数据送入神经网络参与训练。在显存允许的前提下， batch_size应该越大越好，可以修改图像输入尺寸达到平衡。即，在合理范围内调整图像尺寸，使显存尽可能占满， batch_size尽可能大。

选择更小的数据类型

       一般默认情况下，整个网络中采用的是32位的浮点数，如果切换到 16位的浮点数，其显存占用量将接近呈倍数递减。

精简模型

       在设计模型时，适当的精简模型，如原来两层的LSTM转为一层；原来使用LSTM， 现在使用GRU；减少卷积核数量；尽量少的使用 Linear ，全连接层参数较多，较少参数或则不用全连接层。使用全局平均池化进行替代等。

数据角度

       对于文本数据来说，长序列所带来的参数量是呈线性增加的， 适当的缩小序列长度可以极大的降低参数量。

total_loss

       考虑到loss本身是一个包含梯度信息的tensor,因此，正确的求损失和的方式为：

释放不需要的张量和变量

       采用del释放你不再需要的张量和变量，要求我们在写模型的时候注意变量的使用，不要随心所欲，漫天飞舞。

Relu 的 inplace 参数

       激活函数 Relu() 有一个默认参数 inplace ，默认为Flase， 当设置为True的时候，我们在通过relu() 计算得到的新值不会占用新的空间而是直接覆盖原来的值，这表示设为True， 可以节省一部分显存。

梯度累积

       首先了解一些Pytorch的基本知识：

在Pytorch 中，当我们执行 loss.backward() 时， 会为每个参数计算梯度，并将其存储在 paramter.grad 中， 注意到， paramter.grad 是一个张量， 其会累加每次计算得到的梯度。

在 Pytorch 中， 只有调用 optimizer.step()时才会进行梯度下降更新网络参数。

       我们知道， batch size 与占用显存息息相关，但有时候我们的batch size 又不能设置的太小，这咋办呢？答案就是梯度累加。

传统的训练：

加入梯度累加之后的代码如下：

       我们发现，梯度累加本质上就是累加  accumulation_steps 个 batchsize 或accumulationsteps 的梯度， 再根据累加的梯度来更新网络参数，以达到真实梯度类似batch_size 的效果。在使用时，需要注意适当的扩大学习率。

       更详细来说， 我们假设 batch size = 4 ， accumulation steps = 8 ， 梯度积累首先在前向传播的时候以 batch_size=4 来计算梯度，但是不更新参数，将梯度积累下来，直到我们计算了 accumulation steps 个 batch， 我们再更新参数。其实本质上就等价于：

       梯度积累能很大程度上缓解GPU显存不足的问题，推荐使用。

梯度检查点

       梯度检查点是一种以时间换空间的方法，通过减少保存的激活值压缩模型占用空间，但是在计算梯度时必须重新计算没有存储的激活值。详情参考：陈天奇的 Training Deep Nets with Sublinear Memory Cost

混合精度训练

       混合精度训练在单卡和多卡情况下都可以使用，通过cuda计算中的half2类型提升运算效率。一个half2类型中会存储两个FP16的浮点数，在进行基本运算时可以同时进行，因此FP16的期望速度是FP32的两倍。

分布式训练Distribution Training

       数据并行 Data Parallelism

       模型并行 Model Parallelism

       当没有设置好CPU的线程数时，Volatile GPU-Util是在反复跳动的，0% → 95% → 0%。这其实是GPU在等待数据从CPU传输过来，当从总线传输到GPU之后，GPU逐渐开始计算，利用率会突然升高，但是GPU的算力很强大，0.5秒就基本能处理完数据，所以利用率接下来又会降下去，等待下一个batch的传入。

       GPU会很快算完给进去的数据，利用率的主要瓶颈在CPU的数据吞吐量上面，解决方法：

配置更强大的内存条，配合更好的CPU；

在PyTorch的Dataloader上做更改和优化，包括num_workers,pin_memory，会提升速度

 num_workers

       为了提高利用率，首先要将num_workers设置得体，4、8、16是几个常选的参数。经过测试，将num_workers设置的非常大，如24、32等，其效率反而降低，因为模型需要将数据平均分配到几个子线程去进行预处理，分发等数据操作，设高了反而影响效率。当然，线程数设置为1，是单个CPU来进行数据的预处理和传输给GPU，效率也会低。

pin_memory

       当服务器或者电脑的内存较大，性能较好的时候，建议打开pin_memory。该参数为True时可以直接映射到GPU的相关内存块上，省掉了一点数据传输时间。

       以医学图像分割算法为例，从算法工程化的角度出发，探讨算法流程的设计、模型的训练和部署，使设计的分割算法能够落地，可以考虑多阶段分割、合理的图像分块、模型优化及模型训练技巧来提高GPU显存的利用率。

        医学影像数据是多样性的，如何进行预处理，然后送入网络进行训练，可选的方案比较灵活，我们就来探讨一下处理医学影像数据的常用方式。

       不同设备厂商、医院、医生的差异，导致扫描的胸部CT影像存在较大的差异。扫描的身体范围差异较大，包括胸部、腹部和骨盆。不同设备扫描的图像分辨率差异也较大。个体差异导致影像中器官的形状和大小差异较大。综合以上因素，最终扫描重建的CT影像的图像矩阵差异大，尤其Z轴图像大小从515到2024变化。针对CT影像特点，可采用以下的数据处理方法：固定大小/固定分辨率；整体输入/分块输入，各个方法的优缺点如下：

固定大小

优点：不同case的显存占用一致，可多batch的模型训练和推理；

缺点：图像缩放到固定大小会导致目标的变形

固定分辨率

优点：能够保留人体器官的尺度信息；

缺点：不同case的显存占用不一致，存在out of memory(OM)的风险。同时单卡只能采用one batch的方式进行训练和推理

输入整图

优点:能够保留图像的全局上下文信息；算法的预处理和后处理逻辑相对简单

缺点：对GPU显存的依赖性比较高

分块输入

优点：增加了数据的多样性；能够灵活的利用GPU显存

缺点：丢失了目标的上下文信息；不合理的图像分块会导致图像块边缘处的目标分割效果欠佳。采用overlap的图像分块也会增加运算量；算法预处理和后处理逻辑更加复杂。

采用多阶段算法（定位+分割）解决扫描范围的差异，例如肺分割

解决方案如下：

       采用二阶段分割算法，第一阶段采用低分辨率的整图作为输入，实现肺区域的定位；第二阶段采用高分辨率的分块图像（分左肺和右肺）作为输入，实现肺分割。算法流程如下：

1）二阶段级联3D UNet，第一阶段粗分割模型(比如spacing=2mm)实现肺区域定位，第二阶段细分割模型(比如 spacing=1mm)实现肺分割。粗分割过程处理速度较快，增加的时间在可接受的范围；粗分割的准确率对细分割的影响较低，由此可以尽可能降低粗分割模型的复杂度。

2）根据人体解剖结构对图像进行切块处理，最后对分块分割结果进行合并。根据第一阶段的肺定位结果，裁剪背景区域，按照人体解剖结构特点对CT影像进行切块，切分为左肺和右肺。同时保证肺处于图像块的中心，消除目标处于图像块的边缘导致的分割效果变差。这样保留了单肺的完整性，降低了上下文信息的丢失，增加了数据的多样性。当然除了图像切块，也可以对网络切块，此方案并未采用。

3）降低显存占用的网络结构设计，采用bottleneck block、降低Unet深度（三次下采样）、降低初始卷积的宽度；为模型或模型的一部分设置checkpoint,检查点用计算换内存。检查点部分并不保存中间激活值，而是在反向传播时重新计算它们；混合精度训练减少显存占用，实现半精度推理的加速；分布式训练解决各个GPU显卡负载不均衡问题，提高显存的利用率。

4）模型并行。模型并行的高级思想是将模型的不同子网放置到不同的设备上，并相应地实现该forward方法以在设备之间移动中间输出。由于模型的一部分只能在任何单个设备上运行，因此一组设备可以共同为更大的模型服务。这里仅展示模型并行的思想，具体可参考模型并行最佳实践

5）spacing处理：不同CT扫描的spacing存在差异；CT扫描的x,y,z轴spacing不一致。

       针对所有CT图像的spacing存在差异，可以将其归一化到同一分布（比如平均spacing)。但是对于长尾数据，经过归一化，数据原始特征将发生较大变化，需要注意resample方法。如果spacing满足均匀分布，可采用多尺度spacing训练，或设计多尺度spacing模型。在推理时，增加条件判断，不同spacing的数据采用不同的模型。除此之外，可以采用从粗到细、固定大小的分割pipeline。虽然采用固定大小会导致图像形变，但通过粗分割定位能够消除不同的CT扫描差异（扫描范围、图像spacing、个体差异），降低图像形变。细分割采用固定尺度，实现目标的分割。

       针对x,y,z轴spacing不一致的问题，可以resample到各项同性或者各项异性。基于最长轴的spacing和size，设置目标图像的spacing和size,进行归一化，对其中不足目标大小的图像轴，可以扩大crop的范围，或者采用零值padding。

参考：

GPU 显存不足怎么办

显存不够，如何训练大型神经网络

PyTorch中在反向传播前为什么要手动将梯度清零？

如何破解医学影像分析算法显存不足的困境