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对于自己新注释得到的CDS序列,这样的数据如何出具染色体定位图?按道理来说,对基因进行校正注释后应该更改GFF3文件,这样想得到定位信息就会变得十分简单,但是因为TBtools对于mRNA定位的信息,出具的GFF文件与自己初始GFF3文件格式差的比较多,并且涉及的基因较多,不得已寻找一个更为简单的方法,得出目标基因的染色体定位图。 因为记性不好,再加上很多步骤信息需要查询多方的文章,用的时候抓盲,所以闲暇是整理一些过程,偶尔会引用一些别处的图片或者信息,避免时间的浪费嘛,总之这就是一些自用备案的小纪录,如有侵权联系删除 一.使用TBtools的GXF Re-build from Sequences定位基因位置 1:GXF Re-build from Sequences流程1:输入目的基因mRNA序列即CDS序列 2:输入基因组序列 3:输出GFF3文件路径,记得加输出文件名 4:比对较长的序列信息,一般不会有 二.使用Gene Location Visualize(Advanced):重点看需要准备的文件 Gene Location Visualize(Advanced)流程(引用自生物札记/生物药丸)文章1、染色体长度文件:使用基因组序列数据,通过TBtools的Fasta Stats生成 2、特征标记的染色体位置信息:利用第一步得到的GFF3文件,通过TBtools的GXF Stat得到基因定位信息表,将该表纯化即可得到特征标记的染色体位置信息表 3、标记成对信息 4、特征标记的着色信息:对于关注的基因,比如一些扩张的基因家族,输入对应想要的RGB参数即可 5、染色体热图信息文件:即基因组密度信息表,使用TBtools的Gene Density Profile,具体的操作流程,生信石头的一篇推文中《TBtools | 全基因组 - 基因密度统计,充实你的图片》 基因定位信息表S 特征标记的染色体位置信息表 三、如果有整个完整的GFF文件使用Gene Location Visualize from GTF/GFF更为方便 Gene Location Visualize from GTF/GFF流程图 |
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