用这个科研神器，我画的信号通路图被老板狠狠夸了！

2024-06-28 20:57| 来源: 网络整理| 查看: 265

之前已经给大家分享了PPT插件ScienceSlide来绘制通路图，有同学反馈说不太习惯用ppt画图。

这个神器实验室全员使用！画科研插图真的好用到离谱！ScienceSlides 2016 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)

这里再推荐一个类似的软件-Pathway Builder Tool，和ScienceSlides类似，包含了多个生物医学相关模板，免安装使用。

另外没有画过信号通路的同学，可以看看本文后半部分的画图案例以及成图思路。

Pathway Builder Tool 2.0

优点：软件轻便，操作简单，任何系统下都能使用。素材虽然不多，但是通过变换、组合之后可以满足基本需求！

缺点：分子结果不够全面，比如没有LncRNA与 microRNA分子图。

安装包下载：Pathway Builder Tool 2.0安装包，在科研根号三公众号回复“绘图02”下载！

一、Pathway Builder Tool 2.0 素材包详情

Pathway Builder Tool 2.0 软件右侧包括5个板块的素材：Templetes、Organelles(细胞器)、Molecules (分子)、Arrows、Miscellaneous。

1.下拉Templetes对话框，是各种信号通路模式图。

①PATHWAY TEMPLATES下方四张图为简单的信号通路模式图；

②PREMADE PATHWAYS下方为已完成的信号通路。

2.下拉Organelles(细胞器)对话框，是各种细胞器结构。

①MAMMALIAN MEMBRANS为哺乳动物膜

②MEMBRANES(OTHER ORGANISMS)为其他生物体的膜

③CELL ORGANELLES 为细胞器

注：若不知道相应图片的结构，可将鼠标拉至图片中，软件会自动显示对应的结构名。

3.下拉Molecules (分子)对话框，是各种分子结构。

①ACCESSORY MOLECULES表示附属分子

②RECEPTORS表示受体分子

③MOLECULES表示各类生物大分子

④CHEMICAL STRUCTURES表示化学方程式

4.Arrows对话框下为各类箭头

①ACTIVATION ARROWS为起激活或促进作用的箭头，箭头指向被激活或促进的一方

②INHIBITION ARROWS为起抑制的箭头，箭头所指为被抑制的一方

③BINDING ARROWS为捆绑箭头，箭头指向被捆绑或结合的一方

④LINES表示线性箭头，当上游信号分子作用于多个下游信号分子时，可用线性箭头表示分支。

5.Miscellaneous对话框中的结构是对以上列表的补充

①ACCEDDORY ITEMS 表示对人体、器官、组织、细胞或分子的作用，如剪切、辐射、药物处理或者注射等

②CELLS表示不同类型的细胞

③ORGANISMS表示不同物种的形态结构

④BODY ORGANS表示人体的各类器官

⑤HUMAN ANATOMY表示人体结构

二、快捷键

复制：Ctrl+C

粘贴：Ctrl+V

删除：Delete

注意：

对任意部位进行更改时，必须左键单击选中所更改的对象，再做更改。

更改过程需谨慎，软件无法撤销更改。

三、通用作图步骤

1.查找文献

查找信号通路的信号转导机制，如：MicroRNA或IncRNA对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制。

2.确定模板

解压Pathway Builder Tool 2.0压缩包，双击pbtoolv2.exe，打开软件后，在软件右侧Templates选项下选择最适合的通路模板，在适合的通路模板下进行修改。

若软件中的信号通路模板与自己想要做的信号通路的相似性不大，直接开始空白页作图。

3.选择背景

建议一开始将背景选为白色或其他浅色系，因为黑色背景不方便添加文本。

4.作图步骤

建议作图：由外（细胞膜外）及内（膜内），由上游至下游。可先将信号通路机制做出来之后，再将MicroRNA或LncRNA对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制放在之后做，这样思路清晰就不容易出错。

四、画图案例分析

以“miR-143-5p靶向Runx2调控OPG/RANKL信号通路在人牙髓干细胞向成牙本质细胞分化和牙髓损伤修复中的作用”为例。

1、查找文献

通过文献：“RANK/RANKL/OPG信号通路的研究进展”，查找到信号通路，并进行信号转导的机制。同时下调miR-143-5p可促进Runx2表达并调控OPG/RANKL信号通路，从而促进人牙髓干细胞向成牙本质细胞分化，进而修复牙髓损伤。

2、开始作图

①打开Pathway Builder Tool 2.0压缩包，双击pbtoolv2.exe，打开软件。

②思路：根据从由外（细胞膜外）及内（膜内），由上游至下游的方法，首先加入细胞膜与膜上的受体；根据参考文献得知，PANK为Ⅰ型跨膜蛋白，RANKL为配体，以三聚体的形式与RANK结合，从而激活RANK启动信号转导途径。而OPG以二聚体的形式竞争性结合RANKL三聚体，使RANKL失活。

3、具体步骤详解

1）点击MAMMALLAN MEMBRANES对话框中第一排第二个细胞膜图。

2）插入RANK与OPG受体：下拉Molecules对话框，插入RECEPTORS下方第二排第三张和第四张图，插入之后将图片拉大拉宽，并点击软件上方带“T"的图标，在出来的"Text"框中，分别输入RANK、OPG等文本，拖动文本，移至对应分子上。

3）插入RANKL分子:下拉Molecules对话框，插入MOLECULES下方第五排第张图，插入之后出来的会是像箭头所指的单个分子形式，点击图片，粘贴多个分子图片，每三个分子均重叠一部分以表示三聚体结构。将分子移至对应的位置，最终效果如上方所示。

4）点击Arrows下来列表中的ACTIVATION ARROWS选择单向箭头(第二个)，将箭头移至对应的位置，并根据需要改变箭头形态(点中箭头后操作)。

注:分子模型的选择须最符合文献中所描述的分子形态，颜色则可以根据自己的图片背景等各种因素自己做出调整。

5）接下来需要表示出RANK下游信号分子之一JNK的作用方式

按照之前的方法，加入对应的信号分子并让其与RANK结合，下游信号通路之一即为JNK分子，按照JNK的结构，选择两个与结构相结合的图形，并插入箭头，因为细胞增殖与分化的过程是非常复杂，所以可以直接用英文表示其作用的结果。

注:用线性箭头表示移动

6）再表示出RANK下游信号分子之一NF-kB的作用方式

插图的方法同上，根据需要调动细胞核、DNA分子与其余分子的位置和大小，并且加入文本，在分子结构上输入对应的名称

注:NF-kB与DNA分子结合的表示如下，箭头所指表示转录过程，最后应写明Osteoclastogenesis(破骨细胞生成

基因)转录之后的作用是Induced osteoclast formation(诱导破骨细胞形成)

7）表示出miR-143-5p、靶基因Runx2与OPG/RANKL信号通路的关系

4、更换背景并保存文件

在软件的菜单栏点击background可以把选择把背景设置成黑色背景，也可以是其它颜色的背景。

①源文件保存：

点击左上角“File”，选择“Save project”，进行保存，在此操作基础上保存的文件是可以修改的。

②Jpg/Png格式保存：

点击Save as Image，在弹出的对话框中对文件进行命名，并选择保存类型为jpg格式，将保存为jpg格式的图片以画图软件打开，裁剪信号通路图并进行保存。或者也可以直接用截图软件截取信号通路图。

5、信号通路机制图说明

以案例分析所示信号通路为模板

分子之间的作用与结合全部需要按照文献的描述做正确的调整，如MAPK信号通路中大部分蛋白都会经过磷酸化与去磷酸化过程，此过程与单纯的因结合位点进行结合是不同的，需要在分子相应的蛋白质分子上另外加入代表磷酸基团的图案，代表磷酸基团的图案如下图框选所示。