尼尔：人工生命

2003年6月12日15时左右。 新宿突然出现巨大的白色雕像(巨人)。同一时刻，红色龙形的生命体(龙)出现，并与巨人交战。同日16时左右。巨人被龙击破。巨人崩坏之后不久，日本空中自卫队击杀了龙。该事件被称为612事件。日本政府迅速封锁消息，并且秘密将龙的遗体运送至研究所。尽管如此，该事件还是迅速在网络中传播。

12月，日本东京新宿地区出现了原因不明的怪病，该病会使人全身慢慢白盐化。致死率100%。在之后的一年中，怪病的感染者急剧增加，感染者主要集中在新宿地区。感染者当中，出现了性格凶暴化的病例。随着感染者数量的扩大，感染者都无一例外凶暴化或死亡。2004年6月，该怪病被命名为白盐化症候群（简称白盐病）。2004年10月，为了阻止白盐病扩散，日本政府在新宿进行了物理封锁，在新宿周围建起了‘耶利哥之墙’。随着耶利哥之墙的建立，白盐病的感染暂时停止。自卫队和自警团继续进行对凶暴化患者的驱逐。

2008年2月，耶利哥之墙忽然倒塌，从墙内出现了大量的白色凶暴怪物(以下称为'军团')，他们在红眼怪物(以下称为'红眼')的领导下对人类进行无差别的屠杀。由于耶利哥之墙的倒塌，白盐病的感染范围以新宿为中心再次扩大，军团和红眼的数量急剧增加，战火蔓延至日本全国。源自物资和军备不足的不安感，日本政府决定联手美国展开共同战线。随着美军登陆日本，协助日本自卫队。为了应对从新宿不断涌出的军团，人类联军决定实行新宿歼灭作战。尽管人类联军对新宿进行了密集炮击，但是军团数量几乎没有减少。经过讨论，最终决定对新宿进行核打击。8月6日，美军实行了对新宿的核打击。这次作战被称为广岛悲剧的再现。以新宿核打击为伊始，核打击作战正式开始。日本全域化为焦土。11月日本国内确认，全部的军团已被消灭。

2010年2月，中国出现了白盐病感染者，这是日本以外的首例。在世界范围内白盐病开始发病，各国都开始了对白盐病的研究。军团和红眼相继出现在世界各地，世界陷入混乱中。

2010年6月，对于龙的遗体的研究取得进展。一直在暗中进行龙尸体相关研究的研究所证实了除了这个世界，在不同的空间还存在别的世界的多元世界学说。随着对异世界的终端机进行干涉的研究的推进，发现了本来不应存在于这个世界的新粒子。该粒子和612事件的巨人身体崩落时释放的粒子是同一种，该粒子被称作魔素。研究表明白盐病就是由魔素导致的。研究还证明了由魔素所导致的白盐化，是以热核攻击为代表的物理攻击手段所不可能消灭的。讽刺的是，由于核打击所带来的冲击波，魔素扩散到了全世界，致使了世界规模的白盐化症候群的发病。由于魔素的发现，在各个科学领域，大规模爆发了科学技术的发展。

2016年可以让白盐病延迟发作的药品光之素研制完成。为了对抗军团，光之素军团成立。光之素军队由人类精英构成，他们配有光之素，他们的作战目标是驱逐军团。哈默尔恩(Hameln/ハーメルン)机构'开始运作。他们证实了光之素对于较年轻的年龄层更为有效。药品开始优先投放给身体能力更为优秀的孩子，并鼓励他们加入军队。该组织在世界范围中物色身体能力优秀的孩子，并将他们作为战斗机械培养。

为了防止被白盐病的感染，格式塔计划开始实行。将人类灵魂抽出的格式塔化相关的技术研究开始推进。格式塔化的人体实验成功。同一时期，格式塔化的人回到原有身体的实验也取得成功。通过魔素，对多元世界的能量榨取使得无中生有的技术得以确立。之后，这一技术被称作魔法。国立兵器研究所成立，该组织表面上是孤儿院或其他福利组织，实际上对孤儿进行人体实验以制造魔法兵器。

2025年，复制体化(Replicant/レピリカント化)'的技术研制成功。使用格式塔原本身体上采集到的生物信息为源，做出来的容器被称作复制体。和复制体相关的技术，被作为格式塔计划的一环，使格式塔研究得以继续。2032年，格式塔化和复制体化技术向一般民众公开。更多的人类加入了格式塔计划。世界范围内的人类开始格式塔化，对应的复制体被制作出生。通过这一手段构筑出了，可半永久持续工作的复制体系统。成功的使复制体被孕育成为在无意识下，以对军团进行讨伐和维护复制体系统为目的的生物。格式塔计划开始进入最终阶段。将讨伐军团的任务交由复制体，格式塔成功的从世界性的病症当中逃脱，进入了沉睡。作为复制体的管理者，可以半永久行动的机器人(Android/アンドロイド)被配发到世界各地。机器人让复制体们收集作为致病源的魔素。收集来的魔素由机器人中的祭司长，通过被称为祭典的仪式，送往异世界。

2033年，黑之书计划启动。该计划通过使用异世界的技术，将格式塔封印在了书一样的容器当中。以黑之书和白之书为范本，做成了13本封印之书。利用黑之书和白之书融合产生的庞大能量，格式塔可以强制返回各自对应复制体。当局计划当军团和白盐化症候群被消灭之后，利用这个系统让格式塔返回对应复制体。但是格式塔化的灵魂，经过一定时间后，有较高的几率失去自我，凶暴化(以下称为崩坏体)。再过一段时间后，发现格式塔会因此死亡。分析的结果表明，为了使格式塔自我安定，需要格式塔化后依旧能使个体保持安定的魔素。为了寻找格式塔化后依旧安定的个体，哈默尔恩机关开始向贫穷的人类供应特殊的黑之书克隆本。

2053年，过着贫穷生活的尼尔，为了治疗妹妹尤娜的病，被骗去参加该实验。但是，当发现周围的人都接连成为了崩坏体之后，意识到该实验的危险性，从哈默尔恩机关逃离。尼尔和尤娜在逃亡时，在新宿的超市被崩坏体袭击。尼尔为了打破窘迫状况，自行打开了黑之书，选择了格式塔化。尼尔成功的在格式塔化之后，依旧保有自我。尤娜也因为事故，开始了格式塔化，并那之后马上就进入了崩坏体化的状态。哈默尔恩机构和尼尔接触，并进行说服：“将尤娜冻结的话，就可以让她在千年后疾病不再存在的世界中生活下去。”以让尤娜可以免费进行千年的冷冻沉睡为条件，希望尼尔可以提供他的魔素。尼尔与哈默尔恩机构达成交易，作为原生格式塔开始提供魔素。

2764年，在持续不断的维护复制体系统和回收魔素的过程中，复制体渐渐的萌发了自我意识。一开始是像孩子们一样的自我意识，但是经过急速的发展，形成了近乎于人类的思考方式。 3000年前后，几乎全部的复制体都获得了自我意识。复制体的人格与原有的格式塔人格无关，是受到环境影响而成形的人格。根据居住地区的不同，不同的文化和文明急速的发展起来。

3287年，军团的覆灭。随着最后一只红眼被击杀，军团失去领导，被全数歼灭，魔素被全部送还异世界。世界的净化得到了确认。由于世界得以净化，格式塔们觉醒了。但是获得了自我意识的复制体将觉醒的格式塔称为魔物，将夺取他们肉体的格式塔视作敌人。复制体同格式塔之间的战争开始了。格式塔们为了回到自己的复制体，目标指向了黑之书中所记载的复活的仪式。在这个过程中，尽管摄入了尼尔的安定魔素，还是开始出现了格式塔凶暴化、崩坏的情况。此时，已经持续供给安定魔素长达千年的尼尔开始在意起尤娜并没有复活的事实。