寶可夢：旅途

在關都地區的某個森林裏，有一隻孤獨的皮丘。那隻還年幼的皮丘，有着相遇與離別的經驗。這是與小智一起的皮卡丘在開始旅行前，動畫《寶可夢》所有故事的開端。

小智和皮卡丘跟大木博士一起了去在關都地區的枯葉市新設立的櫻木研究所。在研究所，他們聽説了傳説的寶可夢出現在枯葉港的情報。小智他們為了跟它對戰而前往港口，與此同時，一個來自枯葉市的叫做小豪的少年也確定了傳説的寶可夢的身份，於是他也前往了港口……

小智和小豪已經成為了關都地區枯葉市的櫻木研究所的特別研究員，他們的第一個任務就是去調查在城市裏的妙蛙草的大行進。他們一進城，就看到所有的妙蛙草都走向某個地方。小智和小豪將要去發現有關妙蛙種子、妙蛙草和妙蛙花的秘密！

小智和小豪聽説在伽勒爾地區的寶可夢有巨大化現象，為了去調查這個不可思議的現象，他們兩個馬上前往那裏。抵達伽勒爾地區後，對美麗的宮門市和著名的司康餅着迷的兩個人，與在這城市中惡作劇的陌生寶可夢們相會……

為了調查寶可夢的巨大化現象，小智和小豪到了伽勒爾地區。在與寧靜的草原相連的曠野地帶，他們遇到了特別巨大的卡比獸。另一方面，二人在宮門市遇到的寶可夢・炎兔兒，也追着小豪來到了曠野地帶……

首次收服到寶可夢炎兔兒的小豪，以收服為目標的他要進一步的收服更多寶可夢而與小智一起到枯葉森林去。由陷入苦戰的的綠毛蟲收服開始，小豪接連收服蟲屬性寶可夢。小豪是否能收服到關都地區的所有蟲屬性寶可夢嗎！？

小智與小豪前往豐緣地區參加對戰大會“對戰開拓區・玻璃哨大會”。首次挑戰寶可夢對戰的小豪的對手是來自釜炎鎮的焙志。要對付焙志派出的大狼犬，小豪須以良好屬性的攻擊來進行挑戰。另一方面，小智展現出連戰連勝的快速進攻。這樣的小智將派出最重要的難道是那隻寶可夢！？

在枯葉市的港口小智和小豪遇見了一隻消瘦憔悴的波加曼。將波加曼帶回研究所後，從它的訓練家美崎那接受了尋找行蹤的委託。沒想到這隻波加曼是從神奧地區游泳過來的。為了將它送回美崎的身邊，小智和小豪向着神奧地區出發了！

城都地區的圓朱市報道了目擊到傳説的寶可夢・鳳王的相關情報。小智和小豪前往圓朱市一探究竟，卻立刻就發現了形似風王的寶可夢！然而那是少年克里歐製作的假風王。似乎克里歐之所以會這麼做，是因為他無論如何都想讓祖父傑伊看到鳳王。那麼真正的鳳王究竟能否出現呢？

小智和小豪從櫻木博士那裏得知了“據説有座快龍們棲息的島嶼”的傳聞，為了尋找那座島嶼他們踏上了旅途。搭乘途中小豪收服的白海獅出海的兩人捲入了突如其來的暴風雨，被海浪衝走了。當兩人在某座島的海岸醒來時，出現在他們面前的是數量繁多的快龍們！