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Cytoscape美化
看教程不够直观,那就看视频吧! >>点击加载视频 应用上篇所得到的网络图进行美化 1.统一模板美化: 采用模板进行简单美化 得到网络图 2.根据数据含义进行美化 根据的molecluar type标注节点所代表lncRNA或者protein点击网络处理面板中style->node->shape进行设置点的形状,并勾选“Lock node width and height”。 点击网络处理面板中style->node->fill color进行设置点的颜色Column选择“molecluar type”和Mapping Type选择“Discrete Mapping”,并将lncRNA与protein设置成两种颜色区分 根据节点的大小来显示dregee大小,dregee值越大节点直径越大。 同样可以对点进行类似的细化设置(根据下列参数进行设置) 根据correlation的值调整边的颜色:点击网络处理面板中style->edge->stroke color进行设置Column设置为correlation,mapping type设置为continues mapping,current mapping(默认为白-黑) 注:可以双击灰色图标进行设置其它颜色,点击set min and max 设置数值,双击图形右上角的倒三角选择最大值显示的颜色;同样双击左上角倒三角选择最小值的颜色;如果需要增加图注,可点击“Add”按钮 同样也可以对边进行细化设置最后再调整“Layout”得到满意的图 得到网络图: 最后点击菜单栏的图片导出*.pdf(同样可以采用export导出其它格式)注:注意调整网络图后再保存,否则会出现网络图不完整 发表于 2017-09-07 13:01 阅读 ( 19075 ) 分类:软件工具 |
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