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做基因家族等分析时,有时候我们想知道蛋白质的分子量、等电点信息以及序列长度等信息。今天,小编教大家如何获取这些信息。 ExPASy ProtParam在线获取 ExPASy ProtParam 是一款在线蛋白质分析软件,它可以计算一个蛋白质序列的各种理化参数,例如氨基酸序列长度、等电点、分子量等等。其用法如下: 输入一条蛋白质序列: 提交后,系统会计算蛋白质序列的各种理化参数并显示出来,而我们需要的信息如下图所示: perl脚本批量计算 ProtParam 网站一次只能提交一条序列,如果我们的蛋白质序列较少还可以使用,但是序列多的话就不适用了。这就需要一种批量处理的方法,为此我们专门写了一个perl脚本,利用bioperl包里面的方法,批量计算蛋白序列的长度、分子量、等电点信息。 使用方法: perl stat_protein_fa.pl pep.fa pep.stat.xls pep.fa :是输入的蛋白质序列; pep.stat.xls :为输出文件。 perl脚本代码如下: #北京组学生物科技有限公司 #email: [email protected] die"perl $0 "unless(@ARGV==2); useBio::SeqIO; useBio::Seq; useBio::Tools::SeqStats; useBio::Tools::pICalculator; useData::Dumper; #读入序列 my$in = Bio::SeqIO->new( -file =>"$ARGV[0]", -format =>'Fasta' ); openOUT,">$ARGV[1]"ordie"$!"; printOUT"#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n"; my$calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places =>2,-pKset =>'EMBOSS'); #逐条读取序列 while(my$seq = $in->next_seq()) { my( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc ); my$weight = Bio::Tools::SeqStats ->get_mol_wt($seq); $calc->seq($seq); my$iep = $calc->iep; printOUTsprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n", $seq->id, $seq->length, "$weight->[0]", $iep); } $in->close(); close(OUT); 更多生物信息相关课程:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5.微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图 7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析 8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。 |
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