科研新手必读：一文搞定文献检索、下载、管理、阅读

Google学术的功能还是挺强大的，不过在天朝却被封了，要是想用还得翻墙。

不过我找了个方法，详见今天推送的第3条

关联检索：Web of Science

这个方法比较适合研究机构，因为Web of Science的数据库是要收费的，但其搜索引擎比Pubmed更高级，不但能够限定文章的学科，还能限定作者的国籍单位等等，非常好用。值得一提的是它里面的逻辑连接词比Pubmed多了一个很实用词——Near，这个能在相邻的两个句子中寻找关键词。比方说要搜索高血压和糖尿病的关系，如果使用一般“AND”来连接，可能会出现头一句是说的糖尿病，然后结尾出来个高血压，其实并无联系。但用“Near”的话，由于两个词之间的距离被限定了，因此相关的概率也会高的多。

中文检索：万方，知网，维普等

基本是中文文献，在google上找不到的话可以来这里试试。

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文献下载篇：免费是王道

看文献少不了要下载全文，很多精彩论文却被挡在了收费门外，甚是不爽。“窃书不算偷”，如果有些工具可以帮助你免费浏览和下载文献，节约的不仅仅是钱，更重要得是提高了效率。

免费下载首先要知道就是sci-hub了，深谙这个道理的俄罗斯的女神经学家Elbakyan，她在2011年创办了一个网站——Sci-Hub，梦想是要通过这个网站，将世界上所有需要收费阅读的知识，免费提供给需要它们的人。而且她也真做到了，目前Sci-Hub收录了4700万篇学术文章，但是这个网站是“非法”，常常被“封禁”，不过它的生命力依然顽强，为了反“封禁”，网站采取了游击战的方式——换IP地址。现在还有人为了方便中国学者，整合“Sci-Hub中国版”。具体怎么使用，网上有很多文章教你怎么使用。

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文献管理篇：Endnote 和它的七个小伙伴

说起文献管理，大天朝的小伙伴们首先默认想到Endnote，Endnote是一款功能强大的文献管理软件，可以非常方便地在word中插入所引用的文献。Endnote对英文文献的兼容性好，并且可以满足将中文文献插入word中， 是最经典的文献管理软件。

除Endnote 以外的7个文献下载软件

但在软件领域，它可不是独领风骚，一家独大，在国际科研界，数得上名号的还有另外七个软件：colwiz、F1000Workspace、Mendeley、Papers、ReadCube、RefME和Zotero。JEFFREY M. PERKEL在Nature上比较了这几个软件的核心功能，不想被Endnote挡住自己渊博知识储备之路的小伙伴们可以一探究竟。

这8个软件，有的擅长简化浏览和构建文献库流程，有的则擅长创建文献目录、通过共享工作空间或者推荐文献实现团队的协助合作，可谓各有所长。只是，F1000Workspace和Papers都是明摆着要给钱的，其他软件虽然某些功能受限，在开放那些免费功能已经够我等屌丝捯饬很久了。

每一个软件的存在都是为了帮助研究人员管理下载后杂乱无章、哪里方便存哪里、每到用时找不到的那些PDF文件。你说好不容易下意识的建立了一个文献文件夹吧，一打开简直爆满，每次下载的时候都重命名然后根据领域或者研究对象归类文件夹么？

如此细心活儿，臣妾做不到啊！好在参考文献管理软件可以通过索引电脑硬盘来帮你解决一派混乱的局面。特别是当你把一个PDF文献拖拽至应用软件窗口，会促发软件识别文献的DOI或者标题，从在线的服务器检索相关数据（比如标题、关键字和文献作者）。

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下载后的文献怎么命名更高效

下载后的PDF文献很多很杂，怎么管理这些文献用起来方便呢？给这些PDF文件命名是门学问。根据文章题目？文献的标题大多很长啦，当你要找一篇文献的时候，你要一个一个点么？

那么，今天就要介绍一种高效的PDF命名方案，小伙伴不妨参考参考。

这个方案需要借助Endnote,在网上看到“心仪的”paper，不只要下载PDF，还要将文献导入Endnote。虽然工序是多了一道，但为了日后方便查阅，这是不可忽略的动作。这样文件里有一个pdf文件，EndNote里则对应着一个文献记录。

PDF文件的命名原则：选择能够唯一标识一篇paper的最少信息组合来做文件名。比较好的方式就是：期刊名缩写+卷号+首页。其他信息就免了。例如：J. Appl. Phys. 104 091901.pdf

这样的话，不需要看到文件名就大概知道这篇文章讲什么。为什么？因为文件夹里每一个PDF在EndNote里都有记录，在EndNote里浏览标题，遇到想看全文的，根据记录的期刊名、卷号和首页，就自然能在文件夹里找到相应的pdf文件。就算有两千多个文件，按Name排序，也能很快找到。

如果你在网上看到一篇文章，且感觉似曾相识，是不是已经下载过呢？这时通过EndNote就能很快查出来，设置文献在EndNote里排序方式，可以按Journal Name、Year、Volume、Page等进行排序。按Journal Name排有利于检查一篇paper你是否已经有了。按年份排则有利于写综述之前的文献阅读，方便你撰写最新的研究进展。

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让文献主动找上门

每次检索某些热门领域的最新文献都麻烦的很，要定期去各大数据库或者杂志网站输入关键字后自己慢慢筛选，你说烦不烦！要是文献能主动送上门那才是一桩美事，别说，还真的可以，下面有两种“一劳永逸”的方法：

文献鸟Stork

文献鸟Stork是一款简单易上手的文献订阅工具，只要你把所有想跟踪的主题提炼出关键词，或者领域内大牛的人名输进去，就坐等通知吧！每天Stork会帮助你自动搜索然后把结果发给你，让你第一时间知道所关注领域的新文献，要是一次检索出的文献过多，Stork就会把每篇文章对应期刊的影响因子用颜色标记出来（颜色越黄，影响因子越高），帮你快速选择最值得阅读的文献。

首先在浏览器中输入网址Storkapp.me，界面出来后输入邮箱然后点击“sign up for free”：

网站会给你邮箱发链接设置密码、用户名等等，这里就不在赘述了，然后跳转到主页：

每输入一个关键字点击一下add，小伙伴们有没有注意到上图下半部分的Examples，是告诉你具体的关键字规则，比如输入stroke thrombolysis的意思是只要文献中包含stroke和thrombolysis，“stroke thrombolysis”则是把两个单词当成一个整体的短语进行搜索；你想要找Nature杂志的最新文献，不想附带的把只要包含了nature单词的文献都搜索出来的话，就在nature后面加上[Journal]即可，相信大家都是可以看懂的。这里添加了lncRNA、microbiota、CRISPR三个关键字，点了即时发送：

立马就收到邮件了！每个关键字都分paper和Awarded Grants，当然我们只关心paper啦！除了标记出影响因子，有免费全文的也会给予提示，没有免费全文的当然就用神器sci-hub（sci-hub.zz）了。

Pubmed文献订阅

Pubmed有订阅文献的功能？当然了！不过要提前注册下，在首页的右上角：

激活用户后，我们回到pubmed搜索，还是以CRISPR为例，点击search后，搜索框下方会出现create alert，点击后跳转到my NCBI页面，会询问你是否愿意接受CRISPR相关新文献的订阅推送，可以选择频率每月/每周/每天推送：

点击保存就可以坐等文献飞送到你眼前了。

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四类必读文献

首先以下四种文献是需要阅读，且存在由浅入深的关系。

1.本领域核心期刊的文献——熟悉领域

不同的研究方向有不同的核心期刊，这里也不能一概唯IF是论了。当然，首先你要了解所研究的核心期刊有哪些，这个就要靠学长、老板或者网上战友的互相帮助了，挑选出几本价值高的作为备选。

2.本领域牛人或者主要课题组的文献——抓重点

每个领域都有几个所谓的领军人物，他们所从事的方向往往代表目前的发展主流。因此阅读这些组里的文献就可以把握目前的研究重点。那么，我怎么知道谁是牛人呢？这里我个人有两个小方法。

第一是在ISI 检索本领域的关键词，不要太多，这样你会查到很多文献，而后利用ISI 的refine 功能，就可以看到哪位作者发表的论文数量比较多，原则上一般发表论文数量较多的人和课题组就是这行里比较主要的了。

第二分方法，就是关注本领域规模较大的国际会议，看一看到关于会议的invited speaker的人，做邀请的报告人一般来说都是在该行有头有脸的人物了。

3.高引用次数的文章——追经典

一般来说高引用次数（如果不是靠自引堆上去的话）文章都是比较经典的文章，要么思路比较好，要么材料性能比较好，同时其文笔应该也不赖的话。多读这样的文章，体会作者对文章结构的把握和图表分析的处理，相信可以从中领悟很多东西的。

4.研究方向相近的文献——找同类

最后就是当你有了一定背景知识，开始做实验并准备写论文的时候需要看的文献了。首先要明确一点，你所做的实验想解决什么问题？是对原有材料的改进还是创造一种新的材料或者是新的制备方法，还是采用新的表征手段或是计算方法。明确这一点后，就可以有的放矢查找你需要的文献了。而且往往当你找到一篇与你研究方向相近的文章后，通过ISI 的反查，你可以找到引用它的文献和它引用的文献，从而建立一个文献树，更多的获取信息量。

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不经过整理归类的文献

就不是自己的文献

很多时候我们下文献很盲目，好不容易下下来，却发现不是自己想要的，浪费时间又浪费磁盘空间，那么怎么快速识别是不是你想要的文献呢，告诉你一个比较简单实用的方法——“三点识别法”：

前言和最后一部分：一般这部分都是提出作者为什么要进行这项工作，依据和方法。

图表：提出采用的表征方法以及性能变化

结论：是否实现了既定目标以及是否需要改进

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50字总结

精读一篇文献需要很长的时间，可以先尽可能用50 个字左右来归纳文章，说白了就是：

文章的目的（如改进某个性能或提出某种方法）＋表征手段（如XRD，IR，TEM 等）＋主要结论（如产物的性能）。

当你按照这个方法归纳整理几十篇文献后，自然会有一个大致的了解，而后再根据你的笔记将文献分类整理，当你在写论文需要解释引用时再回头精读，我觉得这样会提高效率不少。

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文献阅读的正确姿势

以前拿到一篇新的文献，喜欢直接闷头苦看，谁要是这中间找我，都觉得我一副苦大仇深仿佛男朋友出柜了的表情。后来渐渐吃了不少苦头，总是没过两三天就把看好的内容还给杂志了，才悟出来看文献要带着问题一边思考一边研读。

初看文献的三个步骤：

1.先通读各个小标题，也就是results部分，弄清楚文章的思路和内在联系。

2. 看每个小标题对应的结果图和图注，了解文章通过什么手段来验证科学假设，不明白的地方进行标记。

3. 最后再把全文通读，根据做好的标记到文中找具体的解答，做好阅读摘要，注意作者在discussion部分的写作方式和经典句式。

通读文章前需要准备的问题：

1.文献解决了什么问题？是否发现了新的机制、新的biomarker还是新的药物作用靶点等等。

2. 这个问题重要么？为何重要？这点在introduction里面作者会提出交代，即文章研究的背景和意义。

3. 作者提出了什么假设来解决上述问题？理论依据是什么？

4. 作者通过哪些方法来验证他们的假设？你还知道其他什么方法？要注意你的实验室/你手头上可以实现其中哪些方法，以后遇到此类的问题就可以采用啦。

5. 这些方法是否符合论证假设的需要？是否不够全面还可以有其他的补充？还要考虑实验材料涉及到哪些？细胞、动物、临床是否都覆盖到了？

6. 作者为什么这样设计实验？有什么创新？实验证据是如何一步步得出的？

7. 所有的实验结果图都可以看懂吗？

8. 文章是如何描述结果、如何解析图表趋势，论据如何组合，如何表达自己的观点？

9. 写作上的亮点有哪些？

10. 文献的总思路图？（问题、设计、方法和讨论的逻辑关系是什么）

看完思考文献还没有解决的问题？即文献的减分项，机制是不是做的不透，创新性是否不足。要是自己接着此方向继续做，哪些是在我所在工作条件下可以做的，哪些必须要做，哪些别人肯定比我做得更好更快？

有人说过一篇文献最重要的部分依次是：图表，讨论，文字结果，方法，这也是不无道理的。对一个领域熟悉之后，能做到仅通过阅读图表及其说明文字即能把握文章的方法、结果，在最短的时间内把握最必要的信息的要求。或者发展到定期查新得到的文章只须看摘要、图表即可，个别涉及新方法或突破性结果，再看讨论，文字结果和方法。

如果时间充裕，discussion部分还是要重点研读一下，特别是遇到CNS级别的paper的时候。这部分会把文章的精髓，idea的创新性，作者的实验设计逻辑再阐述一遍，图表的趋势解析，论据的组合，写作的亮点都是可以学习的地方。

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文献精读的三种思维

文献精读是科研人必不可少的功课。精读的主要目的是要把文章的内容真正消化掉，要转化为你自己可以运用的东西。精读的方式分为三种，它们包括“验证型阅读”、“挑刺型阅读”和“总结归纳型阅读”。

1.验证型阅读——模仿者

这时候，你的角色是一个模仿者。就是拿到一篇好文章，暂不看文字内容，先把图和表挑出来，根据图和表的内容想想你来写这篇文章，你会怎么写，包括大的结构框架、组织逻辑，以及如何引入问题，如何进行结果陈述，如何引申出结论等，然后再看作者是怎么做的，反复体会你想的和你看的有哪些不同。当你的想法和作者的雷同程度越来越高，你的水平也在不知不觉之中越来越高。

这种“图表——思索——验证”的阅读对提升思维非常有效。当你做实验后得到的就是几个表、几个图，如果有意识地经过了“验证型阅读”的训练，你就会知道该怎么从更高、更好的角度来写你的文章。同样的数据，有的人可以发10.0的文章，有的人可能只能发5.0的文章，为什么有这种差别？这种差别其实就是在平时阅读文献的过程中慢慢积累出来的。

2.挑刺型阅读——评论者

这时候，你的角色相当于一个评论者了。是一种更高层次的精读方式，需要有评论的一些基础。挑刺就是找不足，能挑刺说明你不仅消化了文章的内容，而且还能比作者看得更深、更远。很多高档次杂志经常会刊出针对新文章的评论性短文，这实际上就是一种挑刺型阅读。“挑刺型阅读”可以提供新的研究思路，如果你立志于从事科学研究，撰写课题申请书是必须的能力之一。课题申请最重要的就是有新的idea，“挑刺型阅读”可以为你今后从事科学研究的选题提供良好的训练。

3.归纳总结型阅读——专家型

这时候，你的角色则是一个高屋建瓴的专家了，是一种宏观视野下阅读，是对多个“单”研究的归纳性思考，是对本领域的研究现状和发展趋势的总结和把握。每个人都可以总结，但要真正总结到位并对发展趋势进行合理、准确的预测却需要很强的能力，一般初涉研究的硕士很难达到这一水平，“大牛”才能很好地做到这一点，不是大牛，不是专家也没关系啦，因为大牛不是天生的，也是从研究生开始慢慢修炼出来的，你可以尝试性按照这种思维去做，量变到质变，说不定哪一天你成大牛了。

这三种精读的思维模式，也反映了我们文献阅读的三种境界，某一天，你对归纳总结型阅读已经游刃有余了，那么恭喜你，你成为“大牛”了。

本文来源：科袖网、解螺旋

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