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生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）
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想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件： 1-生物信息学：导论与方法 北大\10 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题： 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题： 每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设？每个参数是什么意思，都是用来干什么的？准确度评估，sensitivity and specificity，tradeoff，应该追求哪一个？生物学问题和方法的局限性？生信资源的分类： 集中资源&独立资源数据库&软件工具原始数据库&二级数据库命令行工具&网页服务器工具
NCBI EBI UCSC Genome Browser：基因组浏览器，表达调控、变异数据，track，ENCODE 非编码元件（计划） 集中资源
NCBI EBI UCSC 链接 Database、Tools、Resource List（A-Z） by topic by name Table Browser Genome Browser Tools BLAST BLAST、Exonerate、ClustalW2 BLAT、In-Silico PCR Data Repository GenBank、GEO、SRA ArrayExpress、ENA、PDBe ENCODE DNA/Genome Genome Ensembl、Genomes Ideogram、Recombination Rate、GC Content DNA/Gene Gene Ensembl UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes RNA RefSeq Ensembl mRNAs、ESTs、UniGene Proteins Protein, RefSeq、Conserved Domain UniProt、InterPro、PRIDE
Expression UniGene Expression、Atlas Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain Regulation
Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS Literature PubMed
Ontology
Gene Ontology
Comparative Genomics Taxonomy、HomoloGene *Ensembl Conservation、Neandertal Variation dbSNP、dbVar *Ensembl SNPs、DGV、RepeatMasker Disease OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar
GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs 独立资源
癌症 DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data DNAnexus完成世界上最大的泛癌症数据的重分析(附数据下载） - 基因慧 DNANexus：DNANexus专注于建立一个云计算服务器中的DNA数据库，然后以服务方式将该数据库提供给研究者和科学家。DNAnexus和谷歌开展技术合作，提供最为全面的DNA数据库，它可通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）下SRA的网站访问到这些DNA数据（2011年2月，NCBI曾宣布由于联邦政府削减经费支持逐步淘汰SRA）。 Cancer Genome Atlas：泛癌症基因组 The Cancer Genome Atlas：就是 TCGA 的全称，Atlas 古希腊的一个神 TCGA 官网 User Guides and Help |
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