GO和KEGG富集分析详细步骤

2023-12-09 08:59| 来源: 网络整理| 查看: 265

GO和KEGG富集分析文章目录 GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制 1. 将差异表达结果的基因名称转化为id

因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：

新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中

因为在这里只需要diff.xls中的基因名称和logFC两列，所以只复制这两列粘贴到新建的文本文件symbol.txt，如下图所示：在这里插入图片描述

新建R语言脚本文件symbol2id.R，代码如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\cptac\\4_name2id") #设置工作目录 library("org.Hs.eg.db") #引用包 rt=read.table("symbol.txt",sep="\t",check.names=F,header=T) #读取文件 genes=as.vector(rt[,1]) entrezIDs

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