生信高级图之功能分组网络图

久违了，小伙伴们！本期探索功能富集分析中的宝藏，带你一览基因集的功能聚类和相关性。

一、介绍

看多了基因和功能通路之间的关联图，想必大家也有点审美疲劳了，有些小伙伴可能会联想到：通路和通路之间是不是也存在某种关系？是的，它们之间的确存在着某种相似性，做过功能富集分析的朋友们都知道不同通路之间其实是包含了一些重叠基因的，如果将这些重叠基因连接起来会是怎样的场景呢？

请看下面这张图：

这张图称为功能分组网络图，它为我们展示了基因集的功能聚类与关联性，里面的每一个节点其实是一个通路/功能，而连接线表示它们之间的关联，这种关联会将这些富集的通路/功能组织成一个网络，其边缘连接重叠的基因集，这样，相互重叠的基因集往往会聚集在一起，从而很容易识别功能模块。通过集群化的视觉呈现，我们可以直观地看出基因集中有哪些功能模块相互关联。这种网络结构可帮助我们发现隐藏的生物学规律和互作关系。

上面这张图展示的内容尽管很详尽，但是密密麻麻的，略显庞杂，密集恐惧症患者看了都表示瑟瑟发抖，那有没有更美观的可视化展示呢？当然有，下面这张图也许能满足你的需求。

图2中展示的内容大体上和图1类似，所不同的是，它将功能相似的模块用不同颜色圈成了一片椭圆区域，并用概括性的文字描述每个区域功能模块的特征，更具简洁性和审美性，看起来是不是漂亮多了？

简直是密集恐惧症患者的福音啊！

讲到这里，大家肯定想知道这两种图是用什么工具绘制的。它们依旧由enrichplot包出品，分别通过其内部函数emapplot和emapplot_cluster来实现，并且支持多种相似性计算算法。此外，该函数既能支持单组数据，又能支持多组数据。

二、图解

节点（图1和2）：

代表一个功能通路，所含基因数量的多少决定其大小，渐变颜色表示FDR值的变化。

连接线（图1和2）：

通路和通路之间的关联性，具有相互重叠基因的通路会形成连接。

椭圆状圈层（图2）：

相似的功能通路聚集在一起形成的模块。

三、应用

功能分组网络图适用于许多生物数据的可视化，例如基因表达谱、蛋白质互作网络以及代谢组学数据等。

好了，本期宝藏发掘完毕，感兴趣的朋友们赶紧去试试吧！

关于enrichplot的详细使用方法请戳：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/enrichplot.html