DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响

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作者：

范慧君，王静，梁兴国

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摘要：

目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法.[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5～60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小,茎干区GC含量对q PCR扩增效率的影响,再针对引物浓度,引物长度及退火温度来优化含发卡结构DNA模板的扩增.[结果]环区为5～40 nt时,其Ct值比对照组高1.3～4.2,对q PCR的抑制作用与环大小成负相关;茎长9 bp发卡结构当GC含量达3 bp以上时会对定量扩增产生明显抑制作用;增加引物长度,提高引物浓度和退火温度可提高发卡模板的扩增效率.[结论]模板引物结合区环大小在40 nt以内,茎长达9 bp的发卡结构对q PCR扩增会产生抑制作用,通过增加引物长度,提高引物浓度和退火温度可缓解此类抑制.

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关键词：

定量PCR 发卡 环部大小 GC含量 扩增效率

DOI：

CNKI:SUN:SWJS.0.2018-03-007

年份：

2018