2. 数据总览

通过Rank Abundance曲线、稀释曲线、物种累积箱形图(species accumulation boxplot)和物种堆叠柱状图可视化展示，从样本丰富度、测序深度和样本个数三个方面全面评估总体实验设计、采样个数、测序情况，对扩增子数据获得初步认识。

Rank Abundance曲线是将样品中的OTUs/ASVs的相对丰度(或绝对丰度)由大到小排序，并以排序编号为横坐标，OTUs中的相对丰度为纵坐标绘制得到，它可直观的反映样本中物种的丰富度和均匀度。在水平方向上，物种的丰富度由曲线的宽度来反映，物种的丰富度越高，曲线在横轴上的跨度越大；在垂直方向上，曲线的平滑程度，反映了样品中物种的均匀程度，曲线越平缓，物种分布越均匀。

简单来说，在rank abundance 曲线中每一条垂直的线代表一个OTU/ASV，可以理解为一种菌，每一条垂直线右侧的水平线（即楼梯的平台）表示该菌种含量。另外，曲线的平缓程度反映了样品中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀，曲线越陡，物种分布越不均匀。

具体做法，首先每个样本中的OTU按丰度大小降序排列。然后以横坐标为各OTU的排列顺序，纵坐标为各OTU的丰度（最好使用相对丰度，并做对数转化）绘制图形。

数据样式：常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。