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（2）查看表达谱中RNA的种类，例如，如果存在过多的核糖体RNA，那说明可能在建库过程中去核糖体步骤不充分等原因造成。

（3）通过差异表达基因的功能分析结果判断：理想情况下，得到的大部分显著富集通路应与该疾病相关（如果发现大部分的通路均与该疾病不相关，且出现各种特殊物种相关通路，则考虑样本是否污染）。

如癌症样本，富集的前几条通路基本与癌症相关：

3、其次，就是大家最为关心的问题，如何从海量的差异表达基因中挑选出想要的目的基因？

挑选关键基因有以下几种方式：

（1）根据FDR/Pvalue和log2(FC)值挑选差异表达倍数较大的基因；

（2）从功能富集结果中挑选与疾病相关的通路，并查看在该通路有哪些基因发生异常表达；

（3）通过string网站，对差异基因进行PPI（蛋白互作）调控网络分析，理想情况下，在纳入的众多差异基因中，与其他基因相互作用越多的基因则为“hub gene”，这也可能是我们想要的基因；

（4）联合临床数据，分析目的基因与临床数据的相关性。

最后，也就是最关键一步，要是经过上述的筛选，还剩很多基因时该怎么办？？不急，不急，大师姐给你隆重推荐个新的工具：Paper助手网站（http://www.paper-assistant.com/）中的“新基因查询工具”。使用它，便可“一键解忧愁”。现在教教大家怎么使用该工具：

首先进入Paper助手官网→热门工具推荐→新基因查询工具即可进入小工具的主界面，见下图：

是不是界面极简便？但别小看界面简单，工具却很实用！既可以单个查询基因的最新研究进展，也可以批量查询。首先，将你所要查询的全部基因复制在查询框中，接着输入要查询的关键词（研究疾病、方向等等）：

输入关键词后点击查询，即可轻松统计出各个基因在该领域中的研究文章数量：

最后，根据表格，我们就可从报道较少的基因进行着手研究了。是不是很方便？？

注：此推文未经许可禁止转载！

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Jerry

Paper选刊博士

十余年基础科研经历

专注洞悉期刊背后的生存法则

热衷以学术性思维选刊的学者型期刊人返回搜狐，查看更多