使用ITK

使用ITK-SNAP软件进行医学图像的标注工作：如肿瘤、炎症、出血、梗死等的多类 目标轮廓勾画等。

可从官网下载（建议最新版）：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3

目录

导入图像

载入此前标注的mask文件

设置和导入导出标签

勾画病灶区域

修改、删除

调整病灶的标签（比如，从磨玻璃 调整为实变）

保存结果

可采用拖拽、或者File->Open Main Image两种方式导入图像（支持dicom，nifity等格式文件）

如文件夹下含多个图像序列，此处会显示多个序列列表，选中待勾画序列，电极下一步即可导入，最后点击finish

从菜单栏Segmentation->Upload Segmentation 选择mask文件载入；

或者直接拖拽进软件窗口。

然后选择Load As Segmentation即可。

从菜单栏Segmentation->Label Editor进入如下界面，可手动修改label命名、从而更直观。

通过Actions，可以保存和导入自定义的label模板

勾画对应病灶前，记得先选择病灶的类型label（软件左下角）:Active Label

菜单栏：Tools->Color Map Editor, 调整图像窗宽窗位，如肺炎CT可调整为-700/1500, 脑梗死可调整为40/100.

选择勾画工具，分为画刷和画笔两种，左侧为画笔，按住左键勾画闭合轮廓后确认即可填实、得到目标区域；右边为画刷，需要手动完整涂抹目标区域：按住左键涂抹、按住右键擦除。

可选择不同的画笔模式，平滑折线或者间断折线

绘制闭合轮廓：

点击accept

选择画刷模式，即可进行修改：左键添加、右键擦除。可调整画刷形状、大小，是否3D等

如想将此标签从当前的磨玻璃改成实变，选择画刷模式，将Active label选为实变，将paint over选为磨玻璃，然后用笔刷涂抹即可修改

修改后

调整完后，切记将Active label选为你需要画的类型，将paint over恢复All labels

从菜单栏Segmentation->Save Segmentation Image ... (此前无标注结果) or 

此前有标注结果：Save “Untitled.nii.gz”（直接覆盖）or 另存为Save “Untitled.nii.gz” as ... 保存为其他文件

可选为标注结果的文件类型和保存位置