分子动力学模拟软件VMD的安装与使用

在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强大的一款软件。

首先访问VMD官方网站，找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载。这里我们本地是Ubuntu20.04的系统，所以下载了一个Linux通用的版本： 下载到本地之后，找到一个合适的文件夹进行解压：

解压之后进入主目录，运行configure：

最后进入src目录，执行make install完成安装：

安装成功后，在终端窗口中执行vmd会弹出两个窗口，一个用于显示加载的文件和配置： 另一个窗口用于显示输入分子模型的3D结构，如果没有输入任何分子模型数据的情况下，这个界面会展示一个一直旋转的VMD字样的模型：

VMD的使用方法有很多中，tcl的语言也使得可以执行更高阶更灵活的操作，比如参考链接1中的操作就非常的华丽。但是这里我们仅仅为了可视化静态的3D分子模型，所以只介绍一些基本用法。首先我们需要在本地构建一个分子模型的文件，一般以.xyz结尾。文件的格式为：开头的分子数，第二行的标记，这里使用的是mol这种标记，后面的所有行数是标定每一个分子的具体三维坐标，也就是空间位置。这里直接使用了参考链接1中所给出的xyz文件：

具体的file.xyz文件内容如下所示：

保存后，直接运行vmd file.xyz即可弹出相关分子模型的可视化界面： 默认打开的3D分子模型是Line格式的，也就是都被抽象为线条： 此时可以点击界面上的Graphic->Representations，可以弹出一个表示格式的框： 在Drawing Method下找到CPK模式，点击Apply即可应用到图层当中： 在这种模式下可以看到每个原子以及原子跟原子之间的成键关系，是非常常用的一个模式。

本文重点介绍了VMD分子动力学模拟可视化软件的安装与基本使用方法，VMD是一款非常小而精致的可视化工具，在业界也备受推崇。如果只是用于做分子模型的展示，功能是完全足够的，如果要执行更多的操作，需要掌握tcl语言，当然这也是一个坑点。

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