单细胞转录组

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前言

上期推文单细胞转录组 | 多样本处理与锚定法整合介绍了使用锚定法进行多个样本整合，本期我们来介绍另一个多样本整合的主流方法：Harmony。

本文框架

1. Rtools安装

使用harmony需要安装Rtools，如果不安装后续分析会报错。若已经安装此步请跳过。

① 打开网站选择红色箭头指向的"RTools 4.0"，进入详情页；

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

② 选择红色箭头指向的"rtools40-x86_64.exe"下载；

③ 下载安装完成后（安装路径随意），进入Rstudio，在控制台输入；

write('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', file = "~/.Renviron", append = TRUE)

④ 如果一切正常没有报错，重启Rstudio；

⑤ 测试路径配置是否成功。

Sys.which("make")

只要输出不是空字符串就表明路径配置成功。

可能出现的报错：

In file(file, ifelse(append, "a", "w")) : cannot open file 'D:/????/.Renviron': Invalid argument

解决办法：

① 重启Rstudio后运行getwd()命令，获取此时的工作目录。在工作目录中创建txt文件，将 PATH="

② 再次重启Rstudio；

③ 输入"Sys.which("make")"测试路径配置是否成功。

Sys.which("make")

只要输出不是空字符串就表明路径配置成功。

2. 安装包

如果已经安装，此步请跳过。

install.packages('Seurat') install.packages('dplyr') install.packages('tidyverse') install.packages('patchwork') install.packages("devtools") install_github("immunogenomics/harmony") 3. 加载包library(Seurat) library(dplyr) library(tidyverse) library(patchwork) library(devtools) library(harmony) 4. 设置工作路径setwd("D:/sc-seq/")

请根据自己数据的存放位置自定义路径。

本次示例工作路径下存放了需要读取的10×数据文件夹：BC3和BC21。

5. 创建读取文件的向量## 将文件夹中的文件名存到"dir_name"中 dir_name

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