富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明

2023-07-28 21:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

概念：

基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。

基因的功能富集的目的是说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。

原理：

基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P值，判断给定的基因集在功能（或通路）的基因数目超过了随机的期望，是一个小概率事件。

变量差异表达分析N基因组所有基因、所有分析的基因x差异表达基因集中有功能F的基因MN中具有某种功能（F）的基因总数K差异表达基因 clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析：

1.加载R包,下载R包请参考：

富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决_Tian問的博客-CSDN博客

#加载包 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(topGO)

● clusterProfiler包由Y叔开发，可以进行基因及基因簇的分析和基因谱功能可视化，功能强大。

● org.Hs.eg.db人类的基因组注释包进行基因ID的转换

● topGO包辅助绘制GO富集分析结果的有向无环图

2、数据准备，筛选感兴趣的基因集

#自行选择筛选自己感兴趣的基因集 gene_set = 2),])

● 根据自己的需求获取差异基因

3、基因ID转换

gene_symbol

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