Geneious 全面的分子生物学和序列分析工具套件

Geneious Prime全面的分子生物学和序列分析工具套件,通过将原始数据转换为可视化效果，使序列分析直观且用户友好，从而使生物信息学易于访问。提高生产率 我们认为研究人员不必具备编程技能就可以发现新的科学知识。Geneious Prime 通过提供直观、用户友好的界面将原始序列数据转换为有意义的可视化，从而使生物信息学易于访问。

提高可见性和洞察力 Geneious Prime 包含用于分子克隆、基因组学和序列分析的基本工具。行业领先的算法、强大的分析和卓越的可视化让您在探索数据的同时获得重要的洞察力。增加协作 在一个平台上集中进行序列数据管理和分析。存储和组织您的序列以及分析结果和 NCBI 数据。 通过基于文件夹的直观组织和无缝集成的共享数据库，转变团队间的协作。减少错误和风险 创建自动化工作流程。使用插件扩展。与现有系统集成。添加您自己的自定义算法。 让 Geneious 为您工作，以提高效率、控制业务流程并减少研究中的人为错误。Sanger测序分析 简单的序列组装和轻松的重叠群编辑。用于基因预测、基序、翻译和变异检出的自动注释。 使用自动阶梯拟合和峰调用对微卫星轨迹进行基因分型，并生成等位基因表。下一代测序分析 在高度可定制的序列视图中显示带注释的基因组和程序集的精美可视化。 强大的 SNP 变异分析、简单的 RNA-Seq 表达分析和扩增子宏基因组学。分子生物学 一步模拟分子克隆，包括 Gateway、Golden Gate 和 In-Fusion 克隆。 设计和测试 PCR 和测序引物，并创建您自己的可搜索引物数据库。 强大的 CRISPR 工具可以轻松查找位点、设计向导 RNA 和分析您的编辑结果NGS 预处理、组装和作图 使用广泛的 NGS 预处理工具进行准确的下游分析，生成干净的序列数据。 可靠的参考映射与独家映射算法和灵活的从头基因组组装与比对工具可用于比较和整理。比对和系统发育学 使用可信算法（包括 MAFFT 和 Clustal Omega）对 DNA 或蛋白质进行成对和多重比对。 使用经过同行评审的算法（包括 RAxML 和 PAUP*）构建系统发育树，并调整显示设置。NCBI 和 BLAST 在 NCBI 的所有主要数据库中快速搜索文献、DNA 和蛋白质序列信息。将序列直接提交给 GenBank。 BLAST 在 NCBI 数据库中搜索序列或建立本地数据库并在本地进行 BLAST。Geneious Prime 满足您的需求 探索 Geneious Prime 中可用的全套分子生物学和序列分析工具的列表NGS 前处理•导入 Illumina、PacBio 和 NanoPore reads•修剪、过滤和解复用单端和双端数据•合并配对读取•重复数据删除•纠错和归一化•过滤掉嵌合体映射和从头组装•只需在行业领先的映射算法和从头组装算法之间切换•支持组装 Sanger 和 NGS 数据，包括任何长度的 Illumina、PacBio 和 Oxford Nanopore 读数，包括双端读数和混合组装•在组装微生物基因组、质粒和其他环状序列时产生环状重叠群•使用 MAUVE 基因组比对进行基因组比较和整理•映射器包括 Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2 和 TopHat•从头组装算法，包括 Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole 和 Velvet变体调用和表达分析•使用 Geneious 或 FreeBayes 调用 SNP/变体•使用同步基因组视图对表格结果进行实时过滤•计算和比较映射的 RNA-seq 数据的表达水平•使用 PCA 和火山图进行可视化序列分析•修剪、组装和查看 Sanger 测序跟踪文件•纠正碱基检出并创建一致序列•注释基序、ORF 和重复序列•预测基因和结构元素•通过对数据库的相似性搜索进行实时注释•即时翻译选择，或显示注释或选定帧的翻译•序列特性的动态图和统计数据，例如 pI、分子量、熔点、氨基酸组成等序列比对•DNA 或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对•与可信算法对齐，包括 Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE 和 LastZ•通过实时翻译和突出显示查看和编辑路线系统发育学•使用 Geneious 树生成器、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML 等构建树•可视化、编辑和标记您的树木•交互式距离矩阵查看器•出版物质量输出微卫星分析•导入原始 ABI 跟踪文件•修剪、预测和手动调整峰值•Bin peaks 进入等位基因•生成等位基因调用的表格输出分子克隆•查看质粒图谱、自动注释载体以及复制粘贴带有注释的序列•一步 GoldenGate（IIS 型）和限制性克隆•基于同源性的克隆，包括 Gibson、GeneArt 和 In-Fusion•拓扑克隆•克隆操作的父母/后代谱系跟踪•密码子优化和反向翻译•沉默突变分析以寻找潜在的限制性位点以引入•CRISPR gDNA设计•模拟 PCR、消化和连接引物设计•针对任何目标区域或整个序列自动设计 PCR 和测序引物和杂交探针•在序列视图中轻松添加引物•设计基本的和简并的 PCR 引物•在设计过程之前、期间或之后添加和删除引物序列的扩展•引物特异性测试以检查模板序列上的其他结合位点•筛选物理特性、发夹结构和引物二聚体•拖放 FASTA、电子表格或 GenBank 格式的引物 数据管理与协作•拖放导入文件和文件夹，包括 Vector NTI 数据库•将电子表格中的元数据导入序列和其他文档•智能 NGS 导入——一步导入任何种类的 SAM、BAM、GFF、BED 和 VCF 文件•直观的基于文件夹的项目组织•无缝集成共享数据库•快速搜索数据库中的所有序列和元数据•广泛的出口选择搜索和爆炸•直接访问 NCBI 公共 BLAST 数据库•私有本地数据库的自定义 BLAST•集成搜索外部数据库，包括 GenBank 和 UniProt•将您的序列直接上传到 GenBank•在 PubMed 中搜索文献•针对您的本地或共享数据库进行高级搜索自动化工作流程•使用可视化编辑器创建用于自动批量分析的工作流程•超过 20 个用于执行管道的内置工作流程，包括将变体应用于参考序列、映射读取然后找到 SNP 和随机采样序列•通过选择编写自定义代码工作流程来扩展功能API 和开发人员•使用插件开发工具包添加专用功能或与其他系统集成•添加您最喜欢的算法、数据库或可视化•包装命令行程序以通过 Geneious Prime GUI 运行