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0. 需要手动安装的包:stringi,安装方法见此链接:服务器更新R版本/包安装 0-1 MobaXterm无法打开选择cran镜像报错: [tcl] grab failed: window not viewable. 解决方法: 运行:chooseCRANmirror(graphics=FALSE) 即可在页面中选择镜像。 1. 需要在conda forge里完成安装的包: 首先,conda activate environmentname 安装命令:conda install -c conda-forge r-{packagename} 包名称包括: hdf5r;rhdf5filters;arrow(AUCell的依赖包)xml2;ragg;httr;curl;Cairo;evalulate 2. 需要在Bioconductor中完成安装的包(BiocManager::install({packagelist})): AUCell;GENIE3;RcisTarget(SCENIC的依赖包); clusterProfiler monocle ComplexHeatmap MetaNeighbor Biostrings celldex(SingleR) SingleR 3. 需要用install.packages完成安装的包: ade4;vegan(ggcor依赖) ggpubr Seurat SingleCellExperiment jaccard EnhancedVolcano hash msigdbr c("batchelor", "ggrastr", "grr", "pbmcapply", "pscl", "rsample", "RhpcBLASctl", "spdep", "speedglm", "terra")--for monocle3 4. GitHub上的包:如果服务器可以链接github,可以直接用devtools安装,链接不上可以先手动下载master文件夹,解压缩,再用以下方法安装: install.packages({packagename},type="source",repos=NULL) 需要安装的包包括:SeuratDisk,ggalt,SCENIC;DoubletFinder;hdWGCNA;easyPubMed; monocle3 注意事项: 1) 安装的时候,先完成0和1中的步骤,R中的大多数包都可以自动完成依赖包的安装。如果安装失败再参考报错信息更正。 2) 在选择cran的时候,如果网络允许尽量选第一个的原始网站,有些包在镜像网站可能下不到。 |
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