R语言meta分析中漏斗图(funnel)及meta回归气泡图(bubble)坐标轴刻度更改 您所在的位置:网站首页 r语言画函数图代码 R语言meta分析中漏斗图(funnel)及meta回归气泡图(bubble)坐标轴刻度更改

R语言meta分析中漏斗图(funnel)及meta回归气泡图(bubble)坐标轴刻度更改

2024-05-21 13:13| 来源: 网络整理| 查看: 265

meta分析常用于临床试验结果的整合和分析,好的meta分析证据等级高,是更新临床指南的重要依据。R语言是临床/基础科研领域常用的统计工具,通过使用大佬们开发的R包(package)和展示的分析流程代码,可轻松替代多种在线分析网页或应用程序,完成统计、生信、机器学习等任务。

目前已有多种可以实现meta分析的R包,本文主要讨论meta包使用过程中遇到的问题及其解决(替代)方案。

问题1:meta包计算二分类变量RR值时,漏斗图(funnel)横坐标刻度默认为不同位数的1,2,5组合,如:0.1、0.2、0.5、1、2、5等等,而横坐标刻度的间距是按照自然对数(log)分布,默认的标注常不呈比例。funnel()函数自带示例如下

Figure 1. meta包funnel()函数制作的漏斗图

问题1解决方案:meta包的funnel()函数与后面提到的bubble()函数不同,不含有自定义横坐标的参数及xaxt、yaxt参数。推荐使用metafoR包的funnel()同名函数替代,其横坐标为取对数后的RR值。

Figure 2A. metafor::funnel()的默认示例Figure 2B. metafor:funnel()设置y轴区间

问题1解决方案补充:使用metafoR包替代meta包制作漏斗图存在局限性,即metafoR包的剪补法仅适用于rma()函数的结果。meta包的metabin()对二分类变量进行分析默认使用Mantel-Haenszel法,对应metafoR包的rma.mh()函数,广义线性固定效应模型(glmm)对应metafoR包的rma.glmm()函数。其结果均不能进一步使用剪补法分析发表偏移。

问题2:和漏斗图类似,meta包对二分类变量的RR值进行meta回归可视化的气泡图(bubble)也存在纵坐标刻度不呈比例的问题。

Figure 3. meta包二分类变量meta回归默认气泡图

问题2解决方案:使用yaxt = "n"参数不显示默认的纵坐标刻度,使用axis()函数自定义纵坐标刻度,meta包气泡图的纵轴是按自然对数分布,取自然对数exp()可呈比例地显示刻度。保存图片后使用pdf编辑器或ps等修改坐标即可。

Figure 4. 纵轴上于自然对数处标注刻度



【本文地址】

公司简介

联系我们

今日新闻

    推荐新闻

    专题文章
      CopyRight 2018-2019 实验室设备网 版权所有