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miRNA数据库篇——mirBase(序列数据库)
miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库(序列数据库),该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下 http://www.mirbase.org/index.shtml 主页面:
Home:首页 Search:课通过多种方式检索miRNA Browse:可通过物种检索miRNA Help:帮助信息 Download:下载页面 Blog:miRBase日志 Submit:注册新得miRNA ②:检索栏 ③:miRBase数据更新日志 ④:miRNA数据库版本号以及目前收录得miRNA条目数量 ⑤:miRNA检索栏:可通过miRNA名字或者关键字检索miRNA(与②基本一样) ⑥:下载链接 ⑦:miRBase数据库简介 ⑧:参考文献(miRBase结果用于发表时需要引用相关文献) 有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章: miRBase数据库使用教程 我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息,以human为例, 在Browse菜单中,可以检索到hman的所有miRNA前体,示意如下 ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million mapped的缩写,代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息,Confidence`表示可信度。 以hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息,在详情页面,可以得到这个miRNA前体对应的基因,序列,茎环结构等信息 还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库,示意如下 miRNA靶标注释可以分成以下两大类 1. validated targets实验验证的靶标结果,对应的数据库如下 MIRTARBASETARBASE 2. predicted targets软件预测的结果, 对应的数据库如下 DIANA-MICROT MICRORNA.ORG MIRDB RNA22-HSA TARGETMINER 该数据库是免费下载的,ftp地址如下 ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/ 下载的整体数据集示例: 可根据自己想要的进行筛选,筛选办法: python 选取列表中某列所含特定字符所在的所有行 python3怎么筛选excel中特定的行(行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合) 参考来源: 作者:生信修炼手册 链接:https://www.jianshu.com/p/b057f152759f 来源:简书 作者:MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud) 链接:https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947 来源:微信公众号 |
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