二代测序(Next generation sequencing)介绍 | 您所在的位置:网站首页 › ngs二代基因测序价格 › 二代测序(Next generation sequencing)介绍 |
1. 定义
二代测序也被成为高通量测序指的是现代不同的测序技术,不同于之前的Sanger测序,它的速度更快,价格也更为便宜,主要有以下几个平台: - Illumina (Solexa) sequencing - Roche 454 sequencing - Ion torrent: Proton / PGM sequencing - SOLiD sequencing 2. 原理此处主要介绍Illumina 平台的工作原理。 从本质上而言,二代测序(NGS)和Sanger测序相同,都是在每一个测序周期中,利用计算机检测DNA聚合酶催化荧光标记的dNTP结合到DNA模板时产生的荧光信号。但与Sanger单位时间检测单片段不同的是,NGS能同时检测成千上万的孔道的信号,因此大大提高了效率。 3 工作流程Illumina工作过程可以分为以下四步: 文库准备:提取的DNA和cDNA通过物理或其他方法随机切割成相同大小的片段,并在5'和3'添加接头(adapter)。该接头主要用于提高PCR效率,在测序时提供barcode/index。 生成簇:通过桥式PCR,单片段序列被大量扩增成簇 测序:每个片段基于SBS(边合成边测序)原理,由计算机读取read。 数据比对和分析 Youtube上有具体过程,需翻墙。 流程图.jpg 一些疑问 paired-end vs single-end sequencing 单端测序只会读取测序片段的一侧生成单个文件。双端测序在读取一端序列后,会合成互补链并读取互补链的一侧,生成2个文件。 双端测序可以在后续数据分析时可以发现可变剪切。 Paste_Image.png |
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