【实用讲解】NCBI使用教程3：基因序列的比对

原标题：【实用讲解】NCBI使用教程3：基因序列的比对

BLAST是“局部相似性基本查询工具”（Basic Local Alignment Search Tool）的缩写。是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。该程序将DNA/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对，从而找到相似序列。

生物序列的相似性

相似性(similarity):是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80%，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。

序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是我出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等。

Blast主要程序

1.打开blast（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）

2.输入比对序列及参数

3. BLAST结果分析

一般评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。通用还会额外加上序列长度（length）。

Score：序列比对过程中计算的得分值，得分越高，序列匹配结果越好。

Expect：表示随机匹配的可能性。E值越小，序列越相似，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

Identities：序列相似性，匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

Gaps：插入或缺失。用"—"来表示。

好，推送的关于NCBI的三篇文章就都讲解完毕啦

分别是：

目的基因查找

QPCR引物设计

基因序列比对

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