单细胞数据挖掘实战：文献复现（一）批量读取数据

本教程介绍了在GEO数据库中下载单细胞数据集的方法，并进一步处理为scanpy可读取的格式。 第一步：GEO数据库下载单细胞数据 NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/] GEO：ht...

本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy[https://space.bilibili.com/338686099]；学习视频链接: 「生信技能树」单细胞数据挖掘[https://www.bilibili.com/video/BV1pa4y1s76J?from=search...

从原始数据——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是下游Seurat、Scater、Monocle等分析的输入文件。】 原始数据下载 现在大多数测序...

单细胞转录组探索急性髓系白血病 作者：天涯清水编辑：薛定谔的猫本文首发于单细胞天地 当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。 文献速递...

刘小泽写于19.6.24、29和花花毕业流浪，武汉完事转向成都继续进行剩下两个数据集 第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm...

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Immune Cell Signatures in Alzheimer's DiseasePMID: 34447367 | IF=7.561 | Fro...

之前都是拿到单细胞counts矩阵进行后续的分析，这次主要基于10X的cellranger软件学习单细胞原始的测序数据（sra/fastq）到表达矩阵的转换。值得注意的是cellranger不会得到最终的表达矩阵，而是如下图所示的每个样本三个配套文件，然后利用Seurat等...

单细胞转录组测序进展迅速，伴随而来的是许许多多的内容与讲义，很多课程都老长。。。嗨像我这样莫有耐心的小孩子，能完整看完的只有一个 —— Single-cell RNA-seq analysis workshop(https://github.com/hbctraining/...

本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat 对象的构建和信息提取。 目前构建Seurat对象有以下几种方法： 从 CellRanger 输出构建 从 h5 文件构建 从表达矩阵构建 从 CellRanger 输出构建 公司在完成表达定量后，通常会使用 CellRange...

目前单细胞测序获取细胞的方法主要有两种：（1）Smart-seq：测序细胞量少(因为一次通过一个细胞)，但是测序的reads数多；（2）Drop-seq(10X )：可以测许多细胞，但是测得深度不深。前些天练习了smartseq2的单细胞测序流程。这次就来练习一下10×测序...

「生信技能树」三阴性乳腺癌表达矩阵探索 系列笔记GEO挖掘实战一、初步探索数据 - 简书GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析 - 简书GEO挖掘实战三、GSVA - 简书GEO挖掘实战四、TNBC相关探索 - 简书 示例代码链接：https://pan.baidu.com/...

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236] 基因差异分析的目的是为...

经典赏析 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲...

基于web工具，用户可以对GEO存储的大量数据进行浏览，查询和可视化。通过四种编号GPL，GDS，GSE和GSM可以获得完整的平台，数据集，系列以及样本的信息. 其中属于用户提交的原始数据包括：GPL(Platform),GSM(Sample),GSE(Series)。GE...

示例数据：GSE139324有63个samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241 我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。 1、raw data改名、分...

《闭上眼睛才能看清楚自己》这本书是香海禅寺主持贤宗法师的人生体悟，修行心得及讲学录，此书从六个章节讲述了禅修是什么？什么是空性？如何通过感悟禅修的智慧，来体悟自己的人生。下面我就此书做以下分享。 慈爱众生并给予快乐，称为慈;同感其苦怜悯众生，并拨除其苦，称为悲；两者合...

前言 Google Play应用市场对于应用的targetSdkVersion有了更为严格的要求。从 2018 年 8 月 1 日起，所有向 Google Play 首次提交的新应用都必须针对 Android 8.0 (API 等级 26) 开发； 2018 年 11 月 ...

本文转载自微信公众号“电子搬砖师”，原文链接 这篇文章会以特别形象通俗的方式讲讲什么是PID。 很多人看到网上写的PID文章，要么是一堆公式，要么是充满疑惑的例子，就觉得PID是个很难的控制算法。其实要理解PID很简单，读者完全可以有这种认识和信心。 一、PID是什么? P...

反正对于那些不在乎我的人，误会我的人。我再怎么努力，他们的看法也不会有所改变。

《来，我们说说孤独》 1·他们都在写孤独 一个诗人 如果 不说说 内心的孤独 不将孤独 写进诗里 是不是很掉价呢 2·偶尔会觉得孤独 独自一人 在书房 没觉得孤独 来到街上 孤独 像拥挤的人群 朝我涌来 3·这是孤独么？ 老王想打麻将 没约到牌友 一个人在家看新闻联播 打来...

自幼贫民窟长大的女子，侥幸多念了两本书，枉以为可以与人平起平坐。可是人生从来都是接力赛，我们却天真的当成了百米冲刺。你我都是凡人，能冲出原始阶层的人极少，女子尤甚。 亦舒《承欢记》

晚秋随风起,菊飞待蝶归 。 叶落凭谁舞，残年凉若水。 蘸一笔浓墨写不尽雨打素秋的悲凉之意，画一地落叶描不完风吹轮回的悄怆之态。 一叶一秋，最难改变的是物的衰残凋零；一年一秋，最会改变的是人的心境状态。 “你爸把老屋卖了，我来不及搬过来的东西也一并送给了那户人家。”透过奶奶过...

云舒老师，姓甚名谁，男的女的，多大岁数，这些我全然不知。之所以要写写云舒老师，完全是因为他写的文章，如一个巨大的磁场，深深地吸引着我。 几天前，一个偶然的机会拜读了云舒老师的作品《总有一款幸福适合你》，读罢心情久久不能平静:行云流水般的文字，跌宕起伏的故事情节……仿佛一部电...

"""1.个性化消息: 将用户的姓名存到一个变量中，并向该用户显示一条消息。显示的消息应非常简单，如“Hello Eric, would you like to learn some Python today?”。2.调整名字的大小写: 将一个人名存储到一个变量中，再以小写...