下拉菜单实现树状结构

我们在日常分析中，有时候会比较不同物种间motif序列的保守性。今天小编教大家使用R包“motifStack ”绘制美观的motif序列结构图！

安装好R包后，我们就可以准备输入文件啦~

比如我想绘制拟南芥中HSF结合的motif结构。

在JASPAR（JASPAR 2020: An open-access database of transcription factor binding profiles）中搜索“HSF”。

找到自己感兴趣的motif，点击ID号。

下载JASPAR 格式的矩阵。

我们需要将它处理成以下格式（空格分隔），并命名为"motif_ID.pcm"。

如果你想展示你自己鉴定的motif结构的话，可以使用小编写的脚本（https://github.com/biozhp/motifStack_input）。

使用脚本前需要准备两个输入文件：

输入文件一：mofit序列（第一列为ID，第二列为序列，Tab分隔）。

输入文件二：mofit ID。

执行脚本完毕后即可获得矩阵文件，开始绘制motif序列结构图。