如何跑好琼脂糖凝胶电泳？

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说起跑电泳，肯定有不少大神嗤之以鼻：跑电泳还不简单嘛！配块胶，上好样，插上电源就好啦。事实上，要做一张好看的胶图也是需要细心、耐心以及小编我贴心整理的实验攻略的。

一、选择合适的凝胶浓度

在制胶之前，需要根据目的蛋白的大小，选择合适浓度的琼脂糖凝胶，简言之，长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳，短片段的DNA选用高浓度的凝胶电泳。

二、制备一块凝胶

“工欲善其事，必先利其器”，电泳之前最关键的是制一块好的琼脂糖凝胶，制胶时琼脂糖未完全溶解或是掺杂其他杂质，都会导致出现“千奇百怪”的电泳图。

如上图，由于制胶时溶胶不完全，形成一些浓度较高的凝胶区域，当DNA电泳经过这些区域时，部分DNA被阻碍形成的不规则的亮带。

制胶时需要注意：

制胶前：将制胶模具、梳子以及烧杯等物品洗净，以免干胶及其他杂质带入；

溶胶时：确保琼脂糖完全溶解，三角锥瓶内壁应没有粘附琼脂糖颗粒；

倒入溶液：制胶模具前必须充分混匀，以免制出来的胶出现不均匀的现象。

三、合适的上样量

根据经验，要电泳跑出可见条带的话，至少需要上样50 ng，但是0.5 cm宽的梳子最好不超过加0.5μg的DNA量，因为上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾或弥散，对于较长的DNA此现象更为明显。当然啦，加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定，当加样孔大时，样品上样量应相应加大。

四、选择合适的电压

通常情况下电压越低，走出的电泳条带越平整。低电压电泳时，电泳缓冲液也不容易发烫，也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低，等待电泳结果的时间就会延长，综合考虑，一般控制电泳电压≤5V/cm，即可保证电泳条带的清晰度。

常见问题分析

1.DNA条带模糊，拖尾。

★ DNA降解—避免核酸酶污染；

★ DNA上样量过多—减少凝胶中DNA上样量；

★ 电泳缓冲液陈旧—建议经常更换电泳缓冲液；

★ DNA样含盐过高—泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐；

★存在蛋白污染—电泳前抽提去除蛋白；

★ DNA变性—电泳前勿加热，用20 mM NaCl缓冲液稀释DNA。

2. DNA条带淡弱或无DNA带。

★ DNA的上样量不够—增加DNA的上样量；

★ DNA降解—避免DNA的核酸酶污染；

★ DNA走出凝胶—缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度；

★ 分子大小相近的DNA带不易分辨—增加电泳时间，使用正确的凝胶浓度。

3. DNA marker条带扭曲。

★ 配制凝胶的缓冲液和电泳缓冲液不是同时配制的。使用同时配制的缓冲液。电泳时缓冲液高过液面1~2 mm即可；

★ 电泳时电压过高。可以在电泳前15分钟用较低电压（3 V/cm），等条带出孔后，再调电压；

★ 尽量慢慢加样，等样品自然沉降后再加电压。