R 系列

如果你使用的 Linux 系统 GCC 版本太低, 又没有 root 权限 (即使有 root 权限又担心升级 GCC 带来的风险) ; 同时你又不想入坑 conda, 但是你又希望安装一个最新版本的 R, 那么恭喜你, 这篇普通用户在 Linux 下源码编译安装 R 的记录刚好满足了你想要的一切.。

:::tips 本文档以 R-3.6.0 为例, 但对于 R-3.6.x, R-4.0.x 的安装同样适用。例如 R-4.0.3、R-4.1.2 根据本教程，本人都测试过可以正常安装成功。 :::

本教程在以下的安装环境中，经过测试都可以正常操作：

R 源码编译安装基本命令。

关于 R 相关的动态库：

yum install gcc-gfortran

R 源码编译安装的时候需要的各种依赖库比较多，如果你有 root 的权限，建议使用 yum/apt 等系统命令解决；如果没有 root 权限，可以手动一个个去解决。

针对 RHEL/Debian 一些常见的依赖，使用 yum/apt 自动解决的示例。

yum install readline-devel

yum install lzma-devel xz xz-devel

yum install libcurl-devel

R 安装过程中默认开启 —with-tifflib（use libtiff library (if available) [yes]），但是相关的依赖没有，依然可以正常安装（没有任何报错），但最后会提示：Capabilities skipped: TIFF！

R 安装过程中默认开启 —with-cairo（use cairo (and pango) if available [yes]），但是相关的依赖没有，依然可以正常安装（没有任何报错），但最后会提示：Capabilities skipped: cairo！

R 安装过程中默认开启 —with-ICU（use ICU library (if available) [yes]），如果不可用，最后会提示：Capabilities skipped: ICU！

以下是一些常见的依赖手动解决的示例，可以参考。

根据《R Installation and Administration: A.1 Essential programs and libraries》官方文档，zlib (version 1.2.5 or later)，至少需要 1.2.5 及以上版本。

接着安装 R-3.6.0:

根据《R Installation and Administration: A.1 Essential programs and libraries》官方文档, libbz2 (version 1.0.6 or later: called bzip2-libs/bzip2-devel or libbz2-1.0/libbz2-dev by some Linux distributions), 至少需要 1.0.6 及以上版本.

重新安装 R-3.6.0:

在《R Installation and Administration: A.1 Essential programs and libraries》官方文档中要求, PCRE 版本最好在 8.32 及以上.

CRE (version 8.32 or later, although versions 8.20–8.31 will be accepted with a deprecation warning) is required (or just its library and headers if packaged separately). Only the ‘8-bit’ interface is used (and only that is built by default when installing from sources). PCRE must be built with UTF-8 support (not the default, and checked by configure) and support for Unicode properties is assumed by some R packages. JIT support (optionally available) is desirable for the best performance: support for this and Unicode properties can be checked at run-time by calling pcre_config().

注意:

重新安装 R-3.6.0:

在《R Installation and Administration: A.1 Essential programs and libraries》要求, libcurl 大于或等于 7.22.0 版本。Library libcurl (version 7.22.0 or later) is required, with at least 7.28.0 being desirable.

如果你有管理员的权限，你也可以使用 root 的方法直接安装 libcurl：

注意:

R 语言关于 SSL 证书异常处理笔记

重新安装 R-3.6.0:

重装 bzip2-1.0.6, 如下所示, 首先修改 bzip2-1.0.6 的 Makefile 文件:

然后, 重新编译 bzip2-1.0.6:

在编译过程中发现: “configure: error: “liblzma library and headers are required”, 需要安装 xz, 对应主页: https://tukaani.org/xz/, 安装如下:

R shell 中使用 capabilities() 可以查看 R 已经编译支持的功能, 对于画图可以增加下面几个参数, 使 R 支持对应格式的图片保存, 与此同时要确保对应库已经安装.

以 tiff 为例, 需要安装 libtiff 库:

The bitmapped graphics devices jpeg(), png() and tiff() need the appropriate headers and libraries installed: jpeg (version 6b or later, or libjpeg-turbo) or libpng (version 1.2.7 or later) and zlib or libtiff(versions 4.0.[5-10] have been tested) respectively.

如果你有管理员权限，你也可以直接使用 root 直接安装 libtiff：

然后重新编译 R-3.6.0:

如果 tiff 无法使用, 可以考虑在 ~/.bashrc 中添加 libtiff 库路径, 然后重新再编译 R .

R 安装完以后, 使用 plot 进行画图, 如果出现如下错误:

使用 ldd 命令如果看到 libjpeg.so.9、libpng16.so.16 not found，则可以考虑手动安装这两个包：

libjpeg.so.9, libpng16.so.16 安装步骤如下:

如果使用了自定义安装的 gcc/c++ 进行编译, 需要在 configure 时候使用 CC/CXX 进行指定, 否则使用系统默认的 gcc/c++，由于 CentOS-6.5 默认的 gcc==4.4.7, 该版本的 gcc 会导致 R>=3.5.0 编译出现各种错误，非 root 用户手动升级 gcc 可以参考：非 root 用户手动编译安装 GCC