HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

2024-07-11 20:46| 来源: 网络整理| 查看: 265

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PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近几年来涌现了很多的软件，支持从NGS测序数据直接确定HLA Allel, HLAminer 就是其中之一。

官网如下：

https://github.com/warrenlr/HLAminer

安装过程如下：

wget https://github.com/warrenlr/HLAminer/releases/download/v1.3.1/HLAminer-1.3.1.tar.gz tar xzvf HLAminer-1.3.1.tar.gz cd HLAminer-1.3.1/HLAminer_v1.3.1/

下载解压即可，软件目录结构如下：

├── bin ├── database ├── database_bwamem ├── docs └── test-demo

bin目录下就是所有的可执行脚本，database目录下是所有的数据库文件，包含HLA CDS序列，HLA 基因序列，不同HLA Allel共享的蛋白结构域文件，在database目录下还有对应的bash脚本，可以用于更新数据库。

该软件的架构如下：

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