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做分子通路研究时,常常需要弄清楚某个信号通路中的所有基因有哪些,从而计算评价该信号通路的激活或者抑制。今天给大家介绍查询信号通路的9个数据库,并详细介绍其中的两个。 1. GSEA GSEA数据库地址:http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp,主要用于做基因富集分析,GSEA分析相比KEGG/GO分析来说相对准确些,GSEA采用了所有基因的表达数据进行分析,从而避免了KEGG/GO分析中人为设定一个阈值进行筛选带来的误差。GSEA的完整教程可以登录科研狗网站查看。今天在这只介绍如何查找某一个通路的所有基因 a. 首先打开网页如下,点击菜单栏的Downloads链接: b. 第一次打开需要输入邮箱,然后跳转到如下页面: c. 然后再这页面中间找到对应的通路,比如我们想看KEGG通路,点击下载文件(如果你想看其他通路,下载其他通路即可) d. 下载的文件是gmt格式的,我们在文件上邮件,选择用记事本或者其他文本工具打开(小编这使用notpad打开) 可以看出上图中通路名称以及对应的基因名称 2. GeneCards a. 我们打开GeneCards网站www.genecards.org,然后选择PathCards。这里以寻找细胞周期相关的基因为例,我们输入Cell Cycle b. 在搜索的结果中选择“cell cycle” c. 在页面中可以找到Cell clycle通路中所有的基因,每个基因都可以链接到详细信息 页面中还展示了这些基因的相互作用: 3. Biocarta https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/Biocarta+Pathways 4. Reactome https://reactome.org/
5. Pathwaycommons https://www.pathwaycommons.org/ 6. NetPath http://netpath.org/index.html 7. Panther http://www.pantherdb.org/ 8. SMPDB https://smpdb.ca/ 9. KEGG https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html 当然,如果您只想直观地查看某个通路中的基因以及调控,CST出品的信号通路图肯定是最佳选择~ 相关资料可以登录科研狗网站http://www.keyangou.com查看下载 |
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